NCBI分子生物学数据库 网络生物医学 知识介绍.pptVIP

(六) Structure (结构数据库) 结构数据库或分子模型数据库（MMDB）包括了来自PDB（Protein Data Bank）数据库的由晶体衍射和核磁共振实验研究得到的大分子三维结构的信息。由于Entrez系统的所有数据库间的交叉链接，由此用户可以很方便地从网上浏览大分子的平面图像或三维立体图像。 Cn3D 4.1 (七) PopSet (种群组数据库) 该数据库收录来自种群研究、种系发生研究或突变研究的数据。包括核酸和蛋白质序列数据库 (八) OMIM (人类孟德尔遗传数据库) 该数据库收集了人类基因与遗传疾病的各种信息，包括原文、图片和参考信息，同事还可以链接到Entre系统的Medline数据库中相关文献和序列信息。此库为动态。 作业以Down‘s syndrome为例检索 点1 (九) Taxonomy (生物分类数据库) 该数据库收录了在NCBI数据库中出现的所有生物的核酸序列或蛋白序列，可按生物学门类进行检索活浏览。 (十) SNP (单核苷酸 多态数据库) 基因组变异最常见的一种形式是单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP). 其应用范围较微卫星标记更加宽广，它对群体遗传学、制药业、法医学、癌症及遗传性疾病甚至进化的研究都将产生不可估量的影响。 国际上较重要的网站有： (1) dbSNP(/SNP/):该网站是由美国的NCBI主办的。它除了可接受各地发来的SNP申请注册外，也向公众免费提供对SNP的查询。(2) hGBASE(eractiva.de):该网站建在德国，收集基因内SNP，研究者可通过检测出的序列查询SNP。(3) mIT SNP数据库(/SNP/human/index.html):该网站是由美国麻省理工学院建立的。它包括数千条已经定位的SNP，可以通过指定染色体的某一区域查询SNP。  其它的SNP站点还有： 华盛顿大学，网址是：/SNP;CHLC, 网址是：/cgap/nature-genetics-snps.html; 美国人类基因组研究所，网址是：/About- nHGRI/Der/variat.htm。  (十一) UniSTS (表达序列标签数据库)(十二) EST (表达序列标签数据库) EST —(Expressed Sequence Tag)表达序列标签。（定义）STS —序列标签位点, (Sequence Tagged Sites ,STS)数据库(dbSTS)是GenBank的分库, e-PCR工具是UniSTS资源库的一部分，可用来寻找一段目的DNA片断中的STS标记物，标记物资料包括引物序列、产物大小、作图信息和别名。 dbSTS是NCBI一种新的数据库，主要收录基因标志序列或序列标志位点和图谱数据。虽然dbSTS序列将并入GenBank，但是dbSTS中的注释更具综合性，包括有关实验者、实验条件和基因图谱定位等更为详细的信息。 dbEST: GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中EST部分的无冗余数据。 dbSTS: GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中STS部分的无冗余数据。 (十三) PubMed（medline） (十四) PMC 注意 三、检索方法 (一)联合检索方法 在Entrez主页提供的检索框中输入一个或多个检索词，点击“Go”，即可开始对所有数据库同时进行检索。检索结果直接出现在结果显示界面所有数据库名称的左侧。点击任一项结果都可进入相应数据库的显示界面。数据库名称右侧之后的“?”可链接该数据库的简短注释。下图中显示apoptosis在各数据库中的检索记录数，点击后可链接相应数据库中的记录显示。 NCBI分子生物学数据库应用简介 佳木斯大学基础医学院生物教研室 朱金玲 2009/3 NCBI(National Center of Biotechnology Information,简称NCBI) 。美国国立生物技术信息中心 NCBI是NIH（National Institutes of Health，美国国立卫生研究院 ）的NLM（National Library of Medicine）美国国立医学图书馆的一个分支 NCBI简介 / 美国国立医学图书馆（NLM）于1988年11月4日建立国家生物技术信息中心（NCBI）。 NCBI的主要任务是： 为储存和分析分子生物学、生物化学和遗传学知识创建自动化系统。 从事研究基于计算机的信息处理过程的高级方法，用于分析生物学上重要分子和化合物的结构和功能。 促进生物技术研究者和医药治疗人员应用数据库和软件。 努力协作以获取世界范围内的生物技术信息。