immunoglobulinlike βsandwich类和jellyrolls类蛋白序列内部重复片段分析-analysis of internal repeat fragments of immungalobullike β sandwich and jelly rolls protein sequences.docx

摘要?复制是蛋白质多样性的基础，研究发现14%的蛋白质内部都含有重复片段。复制和融合不但是多结构域蛋白进化的重要机制，同样也是结构域内部进化的重要内容。重复对蛋白质和核酸的稳定性起着关键性的作用，使蛋白质获得独一无二的功能以满足特定的生理学需要，并且重复蛋白要比非重复蛋白进化速度快。序列的重复片段对于研究蛋白质的结构与功能以及蛋白质的进化路径是至关重要的，因此寻找蛋白质序列内部的重复片段近来已成为序列分析中的一个热点问题。当重复片段的长度相差不多，并且所有重复的长度几乎能覆盖整个蛋白质长度的时候，就可以定义为对称蛋白，研究发现存在很多结构和序列都很对称的一些蛋白质。但是由于蛋白质在进化过程中常常会发生一些氨基酸的插入、删除以及突变等，导致了序列的重复单元并不是完全一致，会出现一些分歧，甚至有时候两个重复的结构域被一些大的环区隔离开，尽管该蛋白质所执行的功能没变，结构变化也相对较慢。这样我们会发现一些结构对称的蛋白质氨基酸序列却看不出这种对称性，这似乎有悖于Anfinsen提出的序列决定结构的假设。一般的预测方法难以把氨基酸的对称性揭示或直观的表示出来。本文我们利用改进的重现图方法，通过适当定义序列相似度s，结合Pearson关联的分析，来提取蛋白质序列内部的重复片段。利用这两种方法我们对immunoglobulin-likebeta-sandwich和jellyrolls两类蛋白质的序列进行研究，改进的重现图方法揭示出序列内部确实存在相似度很高的一些子片段，但是有些结果还不是很清晰。用相似性方法给出的子相似矩阵的关联系数方法，能比较直观的揭示序列内部的重复片段，并可以清楚的给出相似子片段的边界。说明我们的方法在寻找蛋白质的序列对称性上具有一定的优越性，对于解决蛋白质序列-结构的关系问题有一定的帮助，并且为蛋白质进化的复制机制提供了一些证据。关键词：重复序列免疫球蛋白卷状筒形蛋白序列－结构之间的关系???本工作受国家自然科学基金资助(NonAbstractDuplicationiscentraltothediversificationofproteins.Previousinvestigationshaveshownthatatleast14%ofproteinshaverepeatingsequences.Duplication,accompaniedbygenefusion,isnotonlytheimportantevolutionalmechanismfortheproteinswithmoredomains,butisalsoessentialforevolutionindomainitself.Duplicationplaysakeyroleinthestabilityofproteinsandnucleicacids,whichalsomakesproteinswithparticularfunctionstosatisfytherequirementsofphysiology.Therepetitivesequencesevolvemorequicklythannonrepetitivesequences.Detectinginternalsequencerepeatswithinproteinshasbecomeahotspotinthefieldofsequenceanalysissincetheyhavewide-rangingrelationswiththestructuresandfunctionsofproteins,aswellastheproteinevolutionpathways.Symmetricalproteinsaredefinedastherepetitivesequencesegmentswhichcannearlycoverthewholelengthoftheproteinwithalmostthesamelength.Thestudyhasfoundthattherearemanyproteinswithsymmetricsequencesandstructures.Inrespectofdeletions,insertions,andmutations,repeatunitshavediverged,andoftentheyareseparatedbylargeloops,eventhoughtheymaystillfulfillfundamentalfunctions,andtheirstructuresdivergemuchmoreslowly,whichresultsinthatinmostcasessymmetriesofpro