龙须菜gracilaria lemaneiformis微卫星标记的筛选及品系间多态性分析-screening of microsatellite markers in gracilaria lemaneiformis of gracilaria lemaneiformis and analysis of polymorphism among strains.docxVIP

龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)微卫星标记的筛选及品系 问多态性分析摘要龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)经成为我国继海带和紫菜之后的第三大 栽培海藻，不仅是江蓠属的一个重要的产琼胶物种，而且还是遗传学研究的好材 料。因此，进行龙须菜的基础研究，对更好地开发其经济效益具有重要意义和推 动作用。微卫星(SSR)是一种广泛用于遗传多样性、系统发生和种质鉴定等领 域的分子标记技术。本论文从三个方面对龙须菜微卫星进行了初步的开发，并对 开发出的微卫星进行了多态性检测及种间转移扩增。1．利用生物信息学方法，从公开发表的龙须菜公共核苷酸数据库中寻找多 态信息含量丰富的微卫星位点，在筛选出的微卫星位点中选取序列，成功设计合 成了5对引物，并在青岛野生龙须菜群体中进行多态性检测。结果显示，5对引物 均有扩增产物，但却未检测到多态性。2．从江蓠属其它种的EST数据库中查找微卫星位点，根据Gracilaria changii 的EST序列设计合成了10对微卫星引物。通过对青岛野生龙须菜群体中的多态性 检测，其中1对引物的扩增产物具有多态性。3．为了获得更多的微卫星引物，通过查找相关文献获得江蓠属其他种(细 江蓠Gracilaria gracilis)的4对已知微卫星引物，用在龙须菜上进行引物种间转移 扩增研究，有2对引物在龙须菜中有具多态性的扩增产物。实验获得的微卫星引 物可用来进行龙须菜种群遗传多样性研究、遗传图谱构建。此外，为比较龙须菜不同品系及江蓠属不同物种在微卫星位点的差异，我们 将从龙须菜核酸公共数据库中查找到的微卫星引物在相关品系和相关种间做了 转移扩增研究。根据计算得到的各样品间Nei氏遗传相似系数进行聚类分析，结 果显示青岛野生型龙须菜样品QD与养殖选育品系样品98l、石岛的龙须菜样品 SD与龙须岛的龙须菜样品LD之间的遗传相似系数最高：LV与龙须菜之间的差异 远远高于种内水平的差异，而成为一种种间水平的差异。关键词：龙须菜，微卫星，多态性分析，种间转移扩增Isolation of Microsatellite loci in Gracilaria lemaneiformisand polymorphic analysis among breeds AbstractGracilaria lemaneiformis has becoming the tllird largest cultivable species in China following Laminaria and Porphyra,which is not only one of the important agarophytic species of Gracilaria genus but also an ideal material for studies of genetics and molecular biology．Therefore，carrying out basic research on Gracilaria lemaneiformis is both crucial and propulsive for the commercial usage of the species．SSR technique has been widely applied to various fields，such as genetic diversity, phylogenies and identification of variants．In this study,we are trying to develop microsatellite loci in Gracilaria lemaneiformis．Based on the microsatellite loci, polymorphic Was characterized and the transferring amplifications of interspecies were carried out in other relative breeds and species．1．By making use of bioinformatic mining method in searching of microsatellites from public nucleofide resources of Gracilaria lemaneiformis,we have designed 5 selective primer pairs from the identified microsatellite loci．With the polymor