高效低成本全基因组dna甲基化检测技术(methylrad-seq)建立及其在海洋贝类中应用-establishment of high-efficiency and low-cost methylation detection technology of whole genome dna ( methyl rad - seq ) and its application in marine shellfish.docxVIP

内切酶和简化基因组限制性酶切分型技术（2b-RAD,typeIIBRestrictionsiteAssociatedDNAsequencing）的特点，在不需要基因组背景信息的前提下可以大规模发掘全基因组范围内的甲基化位点，直接获得甲基化胞嘧啶的序列信息。利用基因组背景清晰的模式生物拟南芥对MethylRAD-Seq技术进行了方法学的验证。结果表明，MethylRAD-Seq具有很好的技术重复性，假阳性率在0.5%左右，可以检测全基因组范围内胞嘧啶的甲基化水平，并且该方法可以评估基因组染色体区域的甲基化水平分布。3、应用MethylRAD-Seq技术研究“海大金贝”积累类胡萝卜素积累机制利用MethylRAD-Seq技术构建12只“海大金贝”和12只普通虾夷扇贝闭壳肌的甲基化文库，测序共产生258,857,033条有效序列，数据量达9.3G。实验设计了两组技术重复，平行文库的泊松系数均能达到0.99以上，结果表明，MethylRAD-Seq技术在贝类DNA甲基化研究中的应用稳定可靠。在“海大金贝”和普通虾夷扇贝的全基因组范围内获得234,241个甲基化位点，筛选得到甲基化水平差异位点236个，对甲基化水平差异位点的GO分类注释及KEGG代谢途径分析表明，甲基化水平差异的基因参与了贝类代谢、生长繁殖、免疫以及细胞信号转导等广泛的生物学过程，同时获得与类胡萝卜素积累相关的候选基因。对“