生物化学课件5 蛋白质的三维结构PPT.ppt

第五章 蛋白质的三维结构;一、研究蛋白质构象的方法;目前还没有一种工具能够用来直接观察蛋白质分子的原子和基团的排列。至今研究蛋白质的空间结构所取得的成就主要是应用间接的X—射线衍射法取得的。 X射线衍射技术与光学显微镜或电子显微镜技术的基本原理是相似的。 X射线衍射技术与显微镜技术的主要区别是：第一，光源不是可见光而是波长很短的X射线；其次，经物体散射后的衍射波，得到的是一张衍射图案。衍射图案需要用数学方法进行重组，绘出电子密度图，从中构建出三维分子图象——分子结构模型。 ;2005-12-25;二、稳定蛋白质三维结构的作用力; 共价键和次级键键能对比 肽键 二硫键 离子键 氢键 疏水键 范德华力 ;氢键是两个极性基团之间的弱键，也就是一个偶极(dipole)的带正电荷的一端被另一偶极带负电荷的一端所吸引形成的键。存在于肽链与肽链之间，亦存在于同一螺旋肽链之中。氢键虽然是弱键，但蛋白质分子中的氢键很多，故对蛋白质分子的构象起着重要的作用。 ;范德华力是分子间的吸引力，这是一种普遍存在的作用力，是一个原子的原子核吸引另一个原子外围电子所产生的作用力。它是一种比较弱的、非特异性的作用力。（静电引力） 。 ;范德华力非常依赖原子间的距离，只有当两个非键合原子处于一定距离时(当相互靠近到大约0.4～0.6nm(4～6A?)时)，才能达到最大。;疏水键是蛋白质分子中疏水性较强的一些氨基酸(如缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸等)的侧链避开水相自相粘附聚集在一起，形成孔穴，对维持蛋白质分子的稳定性起一定作用。 ;盐健或称离子键，它是正电荷与负电荷之间的一种静电相互作用。;二硫键为1个半胱氨酸的SH基与同链或邻链另1个半胱氨酸的SH基氧化连接而成。在二硫键形成之前，蛋白质分子已形成三级结构，二硫键不指导多肽链的折叠，三级结构形成后，二硫键可稳定此构象。 主要存在于体外蛋白中，在细胞内，由于有高浓度的还原性物质，所以没有二硫键。 ;2005-12-25;三、多肽主链折叠的空间限制;肽键的所有4个原子和与之相连的两个 Cα均在同一平面内 C=O与N-H呈反式排列，键长，键角固定 C-N???部分双键性质，不能自由旋转 Cα-N1，Cα-C2单键，可自由旋转;扭角的定义;环绕Cα—N键旋转的角度为Φ ； 环绕Cα—C键旋转的角度称Ψ。 多肽链的所有可能构象都能用Φ和Ψ这两个构象角来描述，称二面角。 ;当Φ的旋转键Ni-Ciα两侧的Ci-1-Ni和Ciα -Ci呈顺式时，规定Φ=0。 当Ψ的旋转键Ciα -Ci两侧的Ni-Ciα 和Ci -Ni+1呈顺式时，规定Ψ=0。;多肽链折叠的空间限制 ;Ramachandran根据蛋白质中非键合原子间的最小接触距离，确定了哪些成对二面角（Φ、Ψ）所规定的两个相邻肽单位的构象是允许的，哪些是不允许的，并且以Φ为横坐标，以Ψ为纵坐标，在坐标图上标出，该坐标图称拉氏构象图。 ;可允许的φ和ψ值：Ramachandran构象图;⑴实线封闭区域 一般允许区，非键合原子间的距离大于一般允许距离，此区域内任何二面角确定的构象都是允许的，且构象稳定。 ⑵虚线封闭区域 是最大允许区，非键合原子间的距离介于最小允许距离和一般允许距离之间，立体化学允许，但构象不够稳定。 ⑶虚线外区域 是不允许区，该区域内任何二面角确定的肽链构象，都是不允许的，此构象中非键合原子间距离小于最小允许距离，斥力大，构象极不稳定。 对非Gly 氨基酸残基，一般允许区占全平面的7.7%，最大允许区占全平面20.3％;2005-12-25;2005-12-25;2005-12-25;四、二级结构：多肽链折叠的规则方式;1.α螺旋的结构 ;⑤?相邻螺圈之间形成链内氢链，氢键的取向几乎与中心轴平行。 ⑥?肽键上N-H氢与它后面（N端）第四个残基上的C=0氧间形成氢键。 这种典型的α螺旋用3.613表示，3.6表示每圈螺旋包括3.6个残基，13表示氢键封闭的环包括13个原子。;2. α螺旋的偶极矩和帽化;3. α螺旋的手性;α螺旋（包括其它二级结构）形成中的协同性：一旦形成一圈α螺旋后，随后逐个残基的加入就会变的更加容易而迅速。 ;③?R基大（如Ile）不易形成α螺旋 ④?Pro－Pro中止α螺旋。 ⑤?R基较小，且不带电荷的氨基酸利于α螺旋的形成。如多聚丙氨酸在pH7的水溶液中自发卷曲成α螺旋。 ;?-螺旋;（二）β折叠片;2005-12-25;2005-12-25;;2005-12-25;2005-12-25;2005-12-25;平行式：所有参与β折叠的肽链的N端在同一方向。 φ=-119°Ψ=+113°。 反平行式：肽链的极性一顺一倒，N端间隔相同。 φ=-139°????Ψ=+135°。 从能量上看，反平β折叠