第6章 基因组学PPT.ppt

第二部分化学生物学的概念和技术; ;;分子生物学研究目标;;;;;6.1 基因组学 Genomics;前基因组时代的“钓鱼”和后基因组时代的“捞鱼”; ;;人类基因组计划;History of the Human Genome Project; 2000年是基因组之年，完成了人类基因组的工作框架图，完成了一系列模式生物和微生物的基因组序列分析。;;为什么选择人类的基因组进行研究？ ;人类基因组的23对染色体;目的;对人类的重要意义 ;单基因遗传病和复杂疾病;单基因病; ;短指症;;乳腺癌;;基因诊断;定位克隆;多基因疾病;（2）对医学的贡献 　　基因诊断、基因治疗疗、基于基因组信息的疾病预防、疾病易感基因的识别、风险人群生活方式、环境因子的干预 等 。;（3）对细胞、胚胎、组织工程的推动 　胚胎干细胞、克隆技术、器官再造。 干细胞 尚未分化发育的，能生成各种器官组织的全能细胞。主要来源于胚胎，分为全能干细胞和组织干细胞。 ; 日本东京理科大学研究人员从老鼠胚胎内提取两种干细胞，其中包含牙齿生长所需的完整遗传信息。 在实验室里培育5天后，干细胞成长为微小的牙蕾。随后，牙蕾被植入老鼠的下颌骨。5周后，新牙萌出。7周后，新牙完全长成。 ;;药物基因组学研究与个体化治疗 在临床上对同样一种疾病使用同一种药物，不同的个体对药物的敏感性和毒性反应有很大的区别。 这种区别主要由基因决定的,特别是药物靶点基因、药物代谢基因等的单核苷酸多态性，影响了药物作用的强弱和药物代谢的不同。;疾病诊断;;遗传图谱 VS 物理图谱; 6000多个遗传标记已经能够把人的基因组分成6000多个区域，可以找到某一致病的或表现型的基因与某一标记邻近的证据，把这一基因定位于这一已知区域，再对基因进行分离和研究。 对于疾病而言，找基因和分析基因是个关键。 ;DNA分子标记 ;RFLP;简单长度多态性SSLP; ;复杂性疾病的相关基因研究和疾病易感性分析 在复杂性疾病的中，由于基因的变异加环境和生活习惯等因素的共同影响，使得每个人对不同的疾病的易感性不同。 基因变异的一个重要的指标是单核苷酸多态性。; ??核苷酸多态性（SNP） 不同个体间在基因水平上的单核苷酸变异，平均每1000对硷基出现一个SNP, 2个无关个体间有300万SNPs.;;SNP marker;SNP研究为了解疾病的发病机理，疾病的诊断及疾病易感性研究提供基础。 位于外显子区并改变氨基酸序列的SNP以及位于基因表达调控区的SNP可能具有重要临床意义和功能意义 生物信息学可提供SNP的数据库和功能预测;可能具有重要功能意义的SNP 位于外显子区并改变氨基酸序列的SNP 位于基因表达调控区如启动子、增强子、转录因子结合区、加尾信号的SNP 位于外显子和内含子交界区域的SNP;2. 物理图谱;1）限制性酶切图谱;RE1;2）荧光原位杂交（FISH）的基本原理;24色 mFISH 核型分析技术 ;FISH基因定位 ;荧光原位杂交特点;3）序列标签位点（sequence tagged sites, STS) 一段较短的、基因组中仅出现一次的DNA片段。 通过2个STS的距离进行定位。 ;3. 链终止法测序; ;;4. 鸟枪法序列测定技术（shotgun sequencing);霰弹法;BAC的构建 pBAC108L来自细菌的一个小型F质粒，其中oriS和repE控制了质粒的复制起始，parB和parA控制了拷贝数。;DNA target sample;细胞 DNA 超声波破碎 电泳分离 插入表达载体 提质粒 测序;;缺点;鸟枪法测序技术不能鉴别高等真核生物基因组中的重复序列 ;;5. 新一代测序技术----------微阵列分析;优点;6.1.2 基因组序列的解读;;非编码DNA的功能;;ORF扫描;;cDNA测序;（2） 基因功能的确定;进化树; 基因同源性分析;基因敲除;基因突变;;（3）比较基因组学;;;（4） 功能基因组学（后基因组学 ）;1. DNA芯片 2. 用标记的DNA与芯片杂交 3. 检测信号;;;大多数固氮岛内的基因（包括 nif 基因）在固氮条件下表达上调，表明固氮岛内新的固氮基因的存在。;应用领域： 基因表达分析； 克隆选择及文库筛选（如cDNA文库） 基因突变检测及遗传病和肿瘤的诊断 ;6.1.3 后基因组时代的研究热点;1000美元测序个人基因组 ;（2） 基因组的