基因组学第三讲基因组作图.ppt

基本要求 基因组作图的概念 2、遗传作图的基础 4、遗传作图的方法 家系连锁分析（PCR-电泳） 5、遗传图谱的用途 基因芯片技术 5、不同人种的基因组图 对白、黑、黄三人种进行大样本的全基因组测序和序列比较，探索人类基因组在不同人群中的多态性分布和变化规律。 是国际合作进行的千人个体基因组多态性研究的一部分。 世界上第一个黄种人基因组序列图由华大基因研究院完成。命名为“炎黄一号”。（10人提供DNA，保密） 5、不同人种的基因组图 黄种人的基因组图 黄种人突变位点与白种人不尽相同，不能完全照搬国外的诊断标准。 开展黄种人基因与疾病关系的研究，将为黄种人的疾病治疗提供更准确和更有针对性的“基因标准图库”，“好比为你的基因做了一张参考CT”。 6、个人基因组图谱 20年后，每个人都可能拥有自己的基因组图谱，这意味着实现个体化诊断、个体化治疗。 已经完成个人基因组图谱的有： “DNA之父”詹姆斯·沃森、基因组研究先锋Craig Venter的个人基因组序列图（均为白人）。根据投资者预测，这些重量级人物的基因组图谱的绘制，预示着个人基因组时代的大幕已经拉开。 将来可达到1000—2000美元/人。 谢谢。 cosmid 是英文 cos site-carrying plasmid 的缩写, 也称粘粒、柯斯载体。是人工建造的含有λ噬菌体DNA的cos序列和质粒复制子的特殊类型的质粒载体。 Cosmid粘粒 A T G G T C T C A C T G C A A C C G A T G G T C T C A C T G T A A C C G Met Val Ser Leu Gln Pro Met Val Ser Leu Stop YAC人工染色体重叠群1000kb cosmid人工染色体重叠群40kb亚克隆 测序和计算机分析 大片段DNA克隆： 一片段与疾病连锁 亚克隆 亚克隆 质粒亚 克隆 疾病基因物理图构建和测序（可作好后续工作：靶基因产物的功能研究） 疾病基因筛查：基因芯片。对阳性基因 用生物信息学方法和实验手段验证。 检测分析 Laser 1 Laser 2 Detector 1 Detector 2 Scanner 芯片的扫描 图 像 处 理 Detector 1 Detector 2 False-color differential image 筛查后进行结构学和功能学验证 ①低精度物理作图：构建覆盖每条染色体的数百kb的大片段的图谱。 ②高精度物理作图：构建覆盖每条染色体的几十个kb的图谱。 物理图构建 将一组不同颜色的荧光标记探针与单个变性的染色体杂交，分辨出每种杂交信号，从而测定出各探针序列的相对位置。 探针间位置关系提供了DNA序列与基因组图谱间的联系。 物理图作图方法Ⅱ：荧光原位杂交（FISH）作图 物理图作图方法Ⅱ：荧光原位杂交（FISH）作图染色体更细长为宜 STS 来源于基因的编码序列， 是染色体上位置已定的、核苷酸序列已知的、且在基因组中只有一份拷贝的DNA短片断位点，片段长200－500bp。 基本特征：唯一性。 物理图作图方法Ⅲ：序列标记位点（STS）作图 难点6 ①酶切和部分酶切的制作重叠DNA片段。 ②分析两个STS位点共存于一个片段的概率（位置越近，共存机会越大），计算STS位点的距离（分离率），绘制图谱。 STS作图方法 蓝色标记 绿色标记 各种酶切片段 根据片段上共存 STS标记计算分 离率 蓝色标记分离率低，表明其间距近；绿色标记分离率高，间距远。 一对连锁紧密的标记 一对连锁不紧密的标记 ①基因组物理图谱是DNA顺序测定的基础, 它是测序工作的第一步。 ②为基因的定位、克隆与基因之间的相互关系分析提供了有效的途径。 物理图谱的用途 两种不同的战略: 全基因组随机测序战略（美国Celera公司）。 以物理图为基础的以大片断克隆为单位的定向测序战略（公共领域测序计划） 。 两者的最大区别在于是否依赖基因组作图。 三、基因组测序 随机先将整个基因组打碎成小片段进行测序，最终利用超级计算机根据序列之间的重叠关系进行排序和组装，并确定它们在基因组中的正确位置。 优点：速度快，简单易行，成本较低。 缺点：最终排序结果的拼接组装比较困难，尤其在部分重复序列较高的地方难度较大。 1、全基因组鸟枪法 对连续克隆系中排定的YAC克隆逐个进行亚克隆测序并进行组装： 遗传图-物理图-亚克隆测序-计算机拼装。 理想状况下，整条染色体就是由一个完整的重叠群构成。 2、逐个克隆法 不需要再作重叠群，散弹法测序后拼装。 因有了参照系，测序更快。 454机后技术更快，能在6天完成。 人类基因组序列已知后个人再测序 中国基因组北方中心 草图绘制的是整个基因组的框架，完成图