深海pah降解菌cycloclasticus sp.p1培养条件的优化及其降解芘代谢通路的初步分析-optimization of culture conditions and preliminary analysis of pyrene - degrading metabolic pathway of deep-sea pahs degrading bacteria cyclinoclastus sp.p1..docx

国家海洋局第三海洋研究所硕士学位论文 国家海洋局第三海洋研究所硕士学位论文 目录 目 录 HYPERLINK \l _bookmark0 摘 要 Ⅷ HYPERLINK \l _bookmark1 Abstract X HYPERLINK \l _bookmark2 1 前 言 1 HYPERLINK \l _bookmark3 1.1 海洋多环芳烃来源危害及其降解微生物1 HYPERLINK \l _bookmark3 1.1.1 海洋多环芳烃来源1 HYPERLINK \l _bookmark3 1.1.2 多环芳烃的危害2 HYPERLINK \l _bookmark3 1.1.3 多环芳烃降解微生物种类3 HYPERLINK \l _bookmark3 1.2 解决难培养微生物培养难题的思路4 HYPERLINK \l _bookmark3 1.3 微生物降解芘的分子机制研究进展4 HYPERLINK \l _bookmark4 2 材料与方法 26 HYPERLINK \l _bookmark5 2.1 材料26 HYPERLINK \l _bookmark6 2.1.1 菌株来源26 HYPERLINK \l _bookmark7 2.1.2 试剂和药品26 HYPERLINK \l _bookmark8 2.1.3 分子生物学用酶26 HYPERLINK \l _bookmark9 2.1.4 分子生物学试剂盒和细菌生理生化测试条27 HYPERLINK \l _bookmark10 2.1.5 主要仪器27 HYPERLINK \l _bookmark11 2.1.6 本研究中使用的培养基和常用溶液配方27 HYPERLINK \l _bookmark12 2.1.7 分析软件30 HYPERLINK \l _bookmark13 2.2 基本方法30 HYPERLINK \l _bookmark14 2.2.1 P1 菌用 1/5 216E 固体平板+萘蒸汽熏蒸法培养 31 HYPERLINK \l _bookmark15 2.2.2 P1 菌在 PAHs 碳源中液体培养 31 HYPERLINK \l _bookmark16 2.2.3 用实验室常用的培养基测试 P1 菌能否生长 31 HYPERLINK \l _bookmark17 2.2.4 P1 菌单因子测试 31 HYPERLINK \l _bookmark18 培养基中 NaCl 浓度测试 32 HYPERLINK \l _bookmark19 培养基 pH 值范围测试 32 HYPERLINK \l _bookmark20 培养温度测试32 I HYPERLINK \l _bookmark21 摇床培养转速测试33 HYPERLINK \l _bookmark22 测试 ML 培养基中 FeSO4 和 FeCl3 33 HYPERLINK \l _bookmark23 测试胰蛋白胨浓度范围33 HYPERLINK \l _bookmark24 测试 L-谷氨酸钠浓度范围 34 HYPERLINK \l _bookmark25 测试 NaAc 浓度范围 34 HYPERLINK \l _bookmark26 测试丙酮酸钠浓度范围34 HYPERLINK \l _bookmark27 0 测试柠檬酸钠浓度范围35 HYPERLINK \l _bookmark28 1 测试酵母膏浓度范围35 HYPERLINK \l _bookmark29 2.2.5 ML 培养基培养条件下的 P1 菌生长曲线绘制 36 HYPERLINK \l _bookmark30 2.2.6 P1 菌响应面优化 36 HYPERLINK \l _bookmark31 PB 实验 36 HYPERLINK \l _bookmark32 爬坡实验38 HYPERLINK \l _bookmark33 响应面实验40 HYPERLINK \l _bookmark34 2.2.7 P1 菌固体培养 42 HYPERLINK \l _bookmark35 2.2.8 用于 RT-PCR 实验的芘诱导 P1 菌培养方案 42 HYPERLINK \l _bookmark36 2.2.9 P1 菌 PAHs 诱导培养方案及转录组和蛋白组测序 43 HYPERLINK \l _bookmark37 2.2.10 细菌 RNA 的提取 44 HYPERLINK \l _bookmark38 2.2.11 细菌基