系统研究集胞藻pcc6803未知蛋白功能-systematic study on unknown protein function of pcc 6803.docxVIP

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2018-08-10 发布于上海
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系统研究集胞藻pcc6803未知蛋白功能-systematic study on unknown protein function of pcc 6803.docx

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系统研究集胞藻pcc6803未知蛋白功能-systematic study on unknown protein function of pcc 6803

various computational approaches in deciphering function of hypothetical proteins. KEY WORDS：Synechocystis sp. PCC 6803, bioinformatics, hypothetical protein, predictive function, quantitative proteomics, gene knock out 目录 HYPERLINK \l _bookmark0 目录 4 HYPERLINK \l _bookmark1 第一章绪论 1 HYPERLINK \l _bookmark2 1.1 后基因组时代的生物信息学 1 HYPERLINK \l _bookmark3 1.2 未知蛋白的功能分析 1 HYPERLINK \l _bookmark4 1.2.1 生物信息学的方法分析未知蛋白功能 2 HYPERLINK \l _bookmark5 1.2.2 实验方法分析未知蛋白功能 4 HYPERLINK \l _bookmark6 1.3 集胞藻PCC6803——蓝细菌的模式菌株 6 HYPERLINK \l _bookmark7 1.3.1 集胞藻基因组研究 7 HYPERLINK \l _bookmark8 1.3.2 集胞藻蛋白质组学研究 7 HYPERLINK \l _bookmark9 1.3.3 集胞藻转录组学研究 8 HYPERLINK \l _bookmark10 1.3.4 集胞藻代谢组学研究 8 HYPERLINK \l _bookmark11 1.4 本文的主要内容 9 HYPERLINK \l _bookmark12 1.5 小结 9 HYPERLINK \l _bookmark13 第二章集胞藻PCC6803 未知蛋白真实性分析 10 HYPERLINK \l _bookmark14 2.1 实验材料与方法 10 HYPERLINK \l _bookmark15 2.1.1 数据下载 10 HYPERLINK \l _bookmark16 2.1.2 蛋白长度分布数学模型 11 HYPERLINK \l _bookmark17 2.1.3 密码子偏性 14 HYPERLINK \l _bookmark18 2.1.4 蛋白质组学鉴定集胞藻PCC6803 未知蛋白 15 HYPERLINK \l _bookmark19 2.2 实验结果 16 HYPERLINK \l _bookmark20 2.2.1 基因组信息整理 16 HYPERLINK \l _bookmark21 2.2.2 蛋白长度分布拟合数学模型建立 17 HYPERLINK \l _bookmark22 2.2.3 集胞藻PCC6803 蛋白长度伽马分布模型建立 19 HYPERLINK \l _bookmark23 2.2.4 伽马分布模型验证 23 HYPERLINK \l _bookmark24 2.2.5 密码子GC含量分析 24 HYPERLINK \l _bookmark25 2.2.6 中性绘图分析 25 HYPERLINK \l _bookmark26 2.2.7 蛋白质组学分析 28 HYPERLINK \l _bookmark27 2.3 小结 31 HYPERLINK \l _bookmark28 第三章集胞藻PCC6803 未知蛋白功能预测 33 HYPERLINK \l _bookmark29 3.1 实验材料与方法 34 HYPERLINK \l _bookmark30 3.1.1 基于同源性的蛋白质注释方法 34 HYPERLINK \l _bookmark31 3.1.2 基于非同源性的蛋白功能注释方法 35 HYPERLINK \l _bookmark32 3.1.3 基因共表达网络分析蛋白质功能 38 HYPERLINK \l _bookmark33 3.2 实验结果 39 HYPERLINK \l _bookmark34 3.2.1 基于序列同源性的预测结果 39 HYPERLINK \l _bookmark35 3.2.2 基于非序列同源性的预测结果 41 HYPERLINK \l _bookmark36 3.2.3 基于基因共表达网络的预测结果 44 HYPERLINK \l _bookmark37 3.2.4 集胞藻PCC6803 未知蛋白预测结果 45 HYPERLINK \l _bookmark38 3.3 小结 53 H