基于全基因组序列香菇商业菌种SSR遗传多样性分析及多位点指纹图谱构建研究.docVIP

基于全基因组序列香菇商业菌种SSR遗传多样性分析及多位点指纹图谱构建研究 　　1上海市农业科学院食用菌研究所，农业部南方食用菌资源利用重点实验室，国家食用菌工程技术研究中心， 　　上海市农业遗传育种重点开放实验室，上海 201403；2南京农业大学生命科学学院，江苏南京 210095 　　香菇（Lentinula edodes）是世界主要栽培食用菌之一，香菇菌种的准确鉴定是香菇大规模生产和菌种知识产权保护的重要前提。本研究基于香菇全基因组序列开发200对SSR标记用于25份常用香菇栽培菌种的遗传多样性分析和菌种鉴定。结果表明：供试材料的遗传相似性较高，遗传相似系数平均值为0.776，最小值为0.567，最大值为1。基于遗传多样性分析结果，筛选出7对带型清晰且重复性好的SSR标记，并成功构建了11份香菇商业菌种的多位点SSR指纹图谱。这11份菌种分别为：Cr02、闵丰1号、香菇2414、森源1号、森源8404、香九、广香51号、华香5号、L952、L9319、L808。 　　香菇； 简单重复序列； 商业菌种； 遗传多样性； 指纹图谱 　　香菇（Lentinula edodes）是我国十分重要的栽培食用菌。自上世纪70年代以来，随着品种改良以及代料栽培技术的推广，我国香菇总产量有了极大的提高，逐渐占到世界总产量的70%以上[1]。据中国食用菌协会统计，2012年我国香菇总产量达到400万吨，仅次于糙皮侧耳（Pleurotus ostreatus），是我国第二大栽培食用菌。随着香菇栽培规模的逐步扩大，香菇栽培菌种的使用数量也越来越多，目前已有25份香菇菌种通过了国家品种审定委员会的认定，用于大规模的商业生产。 　　对于香菇产业来说，优质的菌种对香菇产量和质量的贡献至关重要。目前，我国的香菇栽培正逐步从分散的小农小户生产向着专业化、分工化、规模化的方向发展，对香菇栽培菌种的质量和真实性要求越来越严格。由于缺乏简洁高效的菌种检测手段，生产上假菌种、退化菌种时常冒充优良商业菌种流通于市场，导致菌种供应者和香菇生产者遭受巨大经济损失，迫切需要研制简便、快速、准确的菌种鉴定技术，以保证生产用种的准确无误。 　　菌种的真实性常通过基于表型分析的DUS（Distinctness， Uniformity and Stability）测试来鉴定。这种方法耗时费力，鉴定结果也易受环境的干扰。近年来，随着分子生物学技术的发展，越来越多的分子标记，如RAPD （Radom Amplified Polymorphic DNA）[2]、AFLP （Amplified Fragment Length Polymorphism）[3]、ISSR（Inter Simple Sequence Repeats）[4]以及SCAR（Sequence Characterized Amplified Region）[57]相继被应用于菌种真实性鉴定的研究。分子标记以其快速、简便、可操作性强等优点得到了迅速的推广。然而，在实际应用中，上述分子标记也体现出一些缺点，例如RAPD、AFLP 以及 ISSR 标记扩增出的条带数量较多，统计分析比较繁琐且部分标记的可重复性较低[8]；SCAR标记由于受基因组序列信息的限制，目前可利用的标记数量较少。这些缺点限制了上述分子标记的使用范围和检测效率。 　　随着全基因组测序技术的不断发展，国内外研究者开发了大量的新一代分子标记，如SSR（Simple Sequence Repeat）、SNP（Single Nucleotide Polymorphism）等，这些标记被越来越多地应用于遗传学研究。其中，SSR标记具有数量多、多态性高、共显性、易操作等优点。在植物上SSR标记早已用于品种的鉴定研究[912]。在食用菌领域，当全基因组尚未测序时，研究者常利用表达序列标签（EST）数据库[13]或是采用FIASCO （Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing Repeats）方法[14]以及ISSR抑制PCR法[15]开发了少量SSR标记。随着香菇全基因组序列测序工作的完成，基于全基因组数据库开发大量遍布全基因组的SSR标记已成为现实。 　　笔者在香菇菌种L135全基因组测序完成的基础上，拟初步开发200对SSR标记，并对25份经国审认定的香菇商业菌种进行SSR基因型鉴定。一方面检测所开发SSR标记的实用性；另一方面可考察现有商业菌种的遗传多样性。此外，基于菌种的遗传多样性分析，还拟构建多位点SSR指纹图谱，用于鉴定常用的香菇商业菌种，以期推动香菇菌种真实性鉴定技术的发展。 　　1 材料与方法 　　1.1供试菌种 　　25份经国家品种审定委员会认定的香菇（L. edodes