生物信息学分析患有乳腺癌乳腺球样本中与自我更新相关关键基因.docVIP

生物信息学分析患有乳腺癌乳腺球样本中与自我更新相关关键基因 　　摘 要 目的： 通过生物信息学分析乳腺癌中具有自更新能力的乳腺球样本，挖掘与自更新能力有关的关键基因，为乳腺癌治疗提供基础和理论依据。方法：首先通过比较原位乳腺癌样本（breast cancer， BC）与乳腺癌的乳腺球样本（mammosphere samples， MS）的mRNA芯片表达数据，获得差异表达基因（differentially expressed genes，DEGs）。随后构建DEGs的蛋白与蛋白相互作用 （protein-protein interaction， PPI）网络，并从中筛选出一个高度关联的子网络，最后对子网络进行功能富集分析。结果：MS和BC两组样本间共有1 083个DEGs。从这些DEGs构建得到的PPI网络中，获得了一个包含49个DEGs的高度关联的子网络，其中tspo、igf1、fn1 和cdk1为子网络的核心基因。结论：这些核心基因可能是乳腺癌细胞中与自更新相关的基因。 　　关键词 乳腺癌 乳腺球 自我更新 差异表达基因 蛋白与蛋白相互作用网络 　　中?D分类号：R737.9 文献标识码：A 文章编号：1006-1533（2018）01-0076-05 　　Analysis of critical genes related to self-renewal in the mammosphere model of breast cancer by bioinformatics 　　ZANG Weidong* 　　（Shanghai Fengheng Biotechnology Co.， Ltd.， Shanghai 200240， China） 　　ABSTRACT Objective： To explore the key genes related to self-renewal in breast cancer by bioinformatics， which may provide a basic theoretical basis for the treatment of breast cancer. Methods： The mRNA microarray data from breast cancer（BC） and mammosphere samples （MS） were compared. The protein-protein interaction （PPI） network of differentially expressed genes （DEGs） was constructed and a highly correlated subnetwork was screened out， and then the functional enrichment analysis was performed on the subnetwork. Results： There were 1 083 DEGs between MS and BC samples. Then the PPI network was constructed based on these DEGs. Subsequently， a highly correlated subnetwork containing 49 DEGs was obtained from the PPI network. Notably， tspo， igf1， fn1 and cdk1 were considered as the core genes of the subnetwork. Conclusion： These core genes may be associated with self-renewal in breast cancer cells. 　　KEY WORDS breast cancer； mammosphere； self-renewal； differentially expressed genes； protein-protein interaction 　　network 　　乳腺癌（breast cancer，BC）是发生在乳腺腺上皮组织的恶性肿瘤，多发生于女性，男性仅占1%，全世界每年约有100万例新发病例和40万死亡病例[1]。乳腺并不是维持人体生命活动的重要器官，所以原位乳腺癌并不致命；但癌细胞转移后，会危及生命。乳腺癌细胞的一些子细胞系（如CD44+/CD24-/low细胞）能抵抗治疗并导致癌症复发[2]。CD44+/CD24-/low可以从乳腺癌组织中分离出来并通过体外移植到具备自更新（