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艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系的分子动力学研究-原子与分子物理专业论文
独 创 声 明
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学位论文作者签名: 导师签字:
签字日期: 年 月 日 签字日期: 年 月 日
山东师范大学硕士学位论文
山东师范大学硕士学位论文
目录
中文摘要 ????????????????????????????????1
Abstract ?????????????????????????????????3
第一章 综述???????????????????????????????5
1.1 研究艾滋病的背景??????????????????????????5
1.2 人类免疫缺陷病毒??????????????????????????5
1.3 HIV-1 结构 ?????????????????????????????5
1.4 HIV-1 的生命周期 ??????????????????????????6
1.4.1 进入靶细胞???????????????????????????6
1.4.2 复制与转录???????????????????????????7
1.4.3 装配与释放???????????????????????????7
1.5 HIV-1 蛋白酶 ????????????????????????????9
1.5.1 HIV-1 蛋白酶的功能???????????????????????9
1.5.2 HIV-1 蛋白酶的结构???????????????????????9
1.5.3 HIV-1 蛋白酶与其抑制剂?????????????????????10
第二章 理论与方法 ???????????????????????????13
2.1 力场方法 ?????????????????????????????13
2.1.1 键的伸缩能 ??????????????????????????14
2.1.2 键角弯折能 ??????????????????????????14
2.1.3 二面角扭转能 ?????????????????????????15
2.1.4 范德华能 ???????????????????????????15
2.1.5 静电能 ????????????????????????????16
2.2 分子动力学模拟 ??????????????????????????16
2.2.1 分子动力学的基本原理 ?????????????????????16
2.2.2 积分算法 ???????????????????????????18
Verlet 算法?????????????????????????18
Leap-frog 算法 ???????????????????????19
Velocity Verlet 算法??????????????????????20
Beeman 算法 ????????????????????????20
2.3 Langevin 算法 ???????????????????????????20
2.4 优化技术 ?????????????????????????????21
2.4.1 最陡下降法(SD) ???????????????????????21
2.4.2 共轭梯度法(CD) ???????????????????????22
2.5 周期性边界条件 ??????????????????????????22
2.6 SHAKE 算法????????????????????????????24
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