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西瓜食酸菌CusB蛋白生物信息学分析 　　摘要：为了解西瓜食酸菌耐药结节细胞分化（RND）家族外排转运体中膜融合蛋白CusB生物信息学信息，利用相关软件对西瓜食酸菌和其他革兰氏阴性细菌的CusB蛋白进行理化性质分析，同时对西瓜食酸菌CusB蛋白的疏水性、跨膜结构域、磷酸化位点、信号肽及分泌蛋白亚细胞定位、蛋白质二级结构进行预测。结果表明：西瓜食酸菌CusB蛋白理化性质及进化树分析结果与大肠杆菌较为接近，梨火疫病菌、荧光假单胞菌与其他5种细菌遗传距离较远，预测西瓜食酸菌CusB蛋白有1个区域疏水性较高，存在1个近N端的跨膜结构域，且还有多个磷酸化位点，前1～36个氨基酸残基组成了信号肽，分泌蛋白位于周质空间，二级结构含有较多的α-螺旋、无规则卷曲。对CusB蛋白进行生物信息学分析，既丰富了信息学信息，又有助于在其分子水平的研究，同时也为西瓜食酸菌的抗铜性机理研究提供了依据。 　　关键词：瓜类细菌性果斑病；西瓜食酸菌；RND外排转运体；CusB蛋白；生物信息学分析 　　中图分类号： S182文献标志码： A文章编号：1002-1302（2016）05-0034-04 　　瓜类细菌性果斑病（bacterial fruit bloteh，BFB）是一种严重危害葫芦科植物的世界性种传细菌性病害，其病原菌为西瓜食酸菌（Acidovorax citrulli）[1]。自从1965年在美国首次发现西瓜食酸菌以来，世界多国已相继报道该病害的发生[2]。目前在我国主要分布于新疆、内蒙古、山东、陕西、河北、福建、云南、吉林、海南、黑龙江、辽宁、台湾等15个省（市）的西甜瓜种植区[3]，该病害严重影响了葫芦科植物的产量和商品销量，是我国葫芦科作物产业的主要危害因子[4]。 　　由于西瓜食酸菌属于革兰氏阴性菌，因此其细胞质膜由细胞外膜、周质空间、细胞内膜构成[5]，并且其细胞膜上存在着革兰氏阴性细菌特有的耐药结节细胞分化（RND）外排转运体[6]，该转运体由3个部分构成：外膜蛋白（outer membrane protein，OMP）、内膜蛋白（inner membrane efflux proteins，IMP）、膜融合蛋白（membrane fusion proteins，MFP），主要负责细菌细胞内重金属离子、色素分子、糖类、抗生素等由胞内向胞外的转运[7]。已有报道指出，大肠杆菌（Escherichia coli）中编码CusB蛋白的基因突变会导致铜离子、银离子无法正常转运至胞外，最终导致大肠杆菌死亡[8]。在铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）中RND外排转运体任一组分缺失都会影响外排转运体的正常工作[9]。目前，在西瓜食酸菌中还未见关于RND外排转运体中膜融合蛋白的报道。本研究运用生物信息学分析的方法，对A.citrulli的膜融合蛋白基因cusB基因和CusB蛋白的理化性质、进化分析、疏水性、跨膜结构域、磷酸化、信号肽、分泌蛋白亚细胞定位和蛋白质二级、三级结构进行了预测分析，以期为瓜类细菌性果斑病菌的抗铜分子机理的研究奠定基础。 　　1材料与方法 　　1.1试验材料 　　1.1.1数据来源本研究所用的西瓜食酸菌膜融合蛋白的氨基酸序列为笔者所在实验室测序获得的膜融合蛋白序列，在本试验中命名为CusB。选择梨火疫病菌（Erwinia amylovory，NC_005246）、茄科雷尔氏菌（Ralstonia solanacearum，NC_001399）、大肠杆菌（Escherichia coli，NC_007779）、铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa，NC_022361）、荧光假单胞菌（Pseudomonas fluorescens，NC_012674）、地毯草黄单胞菌柑橘致病变种（Xanthomonas axonopodis pv. citri，NC_005240）中编码膜融合蛋白的基因进行研究。 　　1.1.2相关软件和在线工具本研究中所用相关软件和在线工具主要有：ClustalX、MEGA 4.0、ProtParam、DNAMAN、 　　NETPHOBAC（www.cbs.dtu/）、SignalP、TargetP、TatP1.0、PSIPREDv3.0（http：//bioinf.cs.ucl.ac.uk/）、SWISS-MODEL。 　　1.2试验方法 　　1.2.1cusB基因基本信息登陆NCBI网站，搜索西瓜食酸菌全基因组序列同源的膜融合蛋白基因Aave_4663，了解该基因的基本信息。 　　1.2.2西瓜食酸菌及其他常见病原菌膜融合蛋白的理化性质比较利用分析软件ProtParam对以上细菌膜融合蛋白CusB的理化性质进行分析。 　　1.2.3西瓜