分生B 组学研究及其临床应用.ppt

* * * 疾病基因组学阐明疾病发病机制 * 药物基因组学揭示遗传变异对药物效能和毒性的影响 * 药物基因组学揭示遗传变异对药物效能和毒性的影响 * 蛋白质组学发现和鉴别药物新靶点 * （二）质谱技术(Mass spectrometry, MS) 1．肽质量指纹图谱鉴定蛋白质 2．串联质谱鉴定蛋白质 蛋白质经过酶解成肽段后，获得所有肽段的分子质量，形成一个特异的肽质量指纹图谱（PMF），通过数据库搜索与比对，便可确定待分析蛋白质分子的性质。 用PMF方法不能鉴定的蛋白质可通过质谱技术获得该蛋白质一段或数段多肽的串联质谱（MS/MS）信息并通过数据库检索来鉴定该蛋白质。 * * 液相色谱串联质谱 (Liquid?chromatography tandem?mass?spectrometry, LC-MS/MS) * * 蛋白质的质谱分析 （三）蛋白质芯片 一种高通量的蛋白功能分析技术 用于蛋白质表达谱分析、蛋白质与蛋白质的相互作用、DNA－蛋白质、RNA－蛋白质的相互作用 筛选药物作用的蛋白靶点 其他 * （四）蛋白质组学研究相关的数据库 蛋白序列数据库（SWISS-PROT/TrEMBL；http://www.expasy.ch/） 基因序列数据库（GenBank，EMBL；/，http://www.ebi.ac.uk/） 蛋白质模式数据库（Prosite；http://www.expasy.ch/sprot/prosite.html） 蛋白质二维凝胶电泳数据库、蛋白质三维结构数据库（PDB，/；FSSP，http://www.embl-ebi.ac.uk） 蛋白翻译后修饰数据库（O-GLYCBASE，http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE） * 第四节 代谢组学 Metabolomics/Metabonomics * 代谢组学（metabonomics） 测定一个生物/细胞中所有的小分子组成，描绘其动态变化规律，建立系统代谢图谱，并确定这些变化与生物过程的联系。 * 细胞内代谢物组学(Metabolomics) 动物体液、组织中代谢物组学(Metabonomics) 代谢组学（metabonomics） * The Human Metabolome Database (HMDB) V3.6 The database contains 41,993 metabolite entries (water-soluble and lipid soluble metabolites Abundant ( 1 uM) or relatively rare ( 1 nM). 5,701 protein sequences are linked to these metabolite entries.? 一、代谢组学研究体系 分析生物/细胞代谢产物的全貌 四个层次： 代谢物靶标分析：对某个或某几个特定组分的分析； 代谢谱分析：对一系列预先设定的目标代谢物进行定量分析； 代谢组学：对某一生物或细胞所有代谢物进行定性和定量分析； 代谢指纹分析：不分离鉴定具体单一组分，而是对代谢物整体进行高通量的定性分析。 * 代谢组学研究对象 主要以生物体液为研究对象，如血样、尿样等 完整的组织样品、组织提取液或细胞培养液 * （Image from UC Davis) 二、代谢组学的主要分析工具 核磁共振（NMR）：是当前代谢组学研究中的主要技术。常用的是氢谱（1H-NMR）、碳谱（13C-NMR）及磷谱（31P-NMR）； 质谱（MS）：按质荷比（m/z）进行各种代谢物的定性或定量分析，可得到相应的代谢产物谱； 色谱-质谱联用技术：这种联用技术使样品的分离、定性、定量一次完成，具有较高的灵敏度和选择性。 气相色谱-质谱联用（GC-MS） 液相色谱-质谱联用（LC-MS/MS） * 代谢组学研究的技术系统及手段 * 第五节 组学的临床应用 * 一、疾病基因组学 （一）定位克隆技术是发现和鉴定疾病基因的手段 定位候选克隆是将疾病相关位点定位于某一染色体区域后，根据该区域的基因、EST或模式生物所对应的同源区的已知信息，直接进行基因突变筛查，经过多次重复，可最终确定疾病相关基因。 * （二）SNPs是疾病易感性的重要遗传学基础 疾病基因组学: 在全基因组SNPs制图基础上，通过比较病人和对照人群之间SNPs的差异，鉴定与疾病相关的SNPs (疾病易感人群的遗传学背景，为疾病的诊治提供新的理论基础。 * Image from U of Utah （三）RFLP 血友病甲(因子Ⅷ缺乏症)，性连锁遗传疾病，女性传递，男性发病。 * 二、药物基因组(pharmacog