第三代测序细菌基因组DNA提取方法的比较-湖南师范大学自然科学.PDFVIP

２０１５年１１月 湖南师范大学自然科学学报 Ｖｏｌ．３８　Ｎｏ．６ 　　　　　　　　 　 　　　　　　　　 　 第３８卷 第６期 ＪｏｕｒｎａｌｏｆＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｏｆＨｕｎａｎＮｏｒｍａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｎｏｖ．，２０１５ 　　　　　　　　　 ＤＯＩ：１０．７６１２／ｊ．ｉｓｓｎ．１０００２５３７．２０１５．０６．００３ ＤＮＡ  　 ， 　 ， 　 ， 　 ， 　 ， ， （湖南师范大学生命科学学院，微生物分子生物学国家重点实验室培育基地，中国长沙　４１００８１） 　 　为筛选有效提取细菌菌株总ＤＮＡ的方法，分别采用ＳＤＳ法、ＣＴＡＢＳＤＳ法、试剂盒法和改良试剂盒法 对苏云金芽胞杆菌、粘细菌和放线菌进行总ＤＮＡ的提取、电泳检测、ＮａｎｏＤｒｏｐ２０００测定、ＰＣＲ扩增．对放线菌和苏 云金芽胞杆菌，用改良试剂盒法所提取的总ＤＮＡ纯度较高，电泳条带清晰，ＤＮＡ主带位于２３ｋｂ，单位体积菌液所 提取到的总ＤＮＡ较ＳＤＳ法和ＣＴＡＢＳＤＳ法高，能满足下游的ＰＣＲ扩增等分子操作．对待测样品所做的质检报告也 证实样品合格，可用于后续建库、测序．而粘细菌提取到的总ＤＮＡ由于它们的ＯＤ 在２．０以下，没有达到第三 ２６０／２３０ 代测序样品的要求．改良试剂盒法所提取到的总ＤＮＡ大多数可以满足第三代测序技术样品制备的要求． 　第三代测序技术；ＤＮＡ提取方法；ＣＴＡＢＳＤＳ法；改良溶液型试剂盒法 　Ｑ９３９．９　　　　　Ａ　　　　　１０００２５３７（２０１５）０６００１４０７ ＣｏｍｐａｒａｔｉｖｅＳｔｕｄｙｏｆＢａｃｔｅｒｉａｌＤＮＡＥｘｔｒａｃｔｉｏｎＭｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒｔｈｅＴｈｉｒｄＧｅｎｅｒａｔｉｏｎＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ＲＡＮＧＪｉｅ，ＬＩＬｉ，ＴＡＮＧＱｉｏｎｇ，ＹＡＮＧＱｉ，ＨＥＬｉａｎ，ＤＩＮＧＸｕｅｚｈｉ，ＸＩＡＬｉｑｉｕ （ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓ，ＨｕｎａｎＮｏｒｍａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ， ＳｔａｔｅＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙＢｒｅｅｄｉｎｇＢａｓｅｏｆＭｉｃｒｏｂｉａｌＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ，Ｃｈａｎｇｓｈａ４１００８１，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ　ＴｏｓｃｒｅｅｎｔｈｅｍｅｔｈｏｄｓｆｏｒｅｆｆｅｃｔｉｖｌｙｅｘｔｒａｃｔｉｎｇｂａｃｔｅｒｉａｌｇｅｎｏｍｉｃＤＮＡｔｏｔｈｅｇｅｎｏｍｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｓａｍｐｌｅｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎｆｏｒｔｈｅｔｈｉｒｄｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．Ｔｈｅｓｏｄｉｕｍｄｏｄｅｃｙｌｓｕｌｐｈａｔｅ（ＳＤＳ）ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎｍｅｔｈｏｄ， ｈｅｘａｄｅｃｙｌｔｒｉｍｅｔｈｙｌａｍｍｏｎｉｕｍｂｒｏｍｉｄｅｓｏｄｉｕｍｄｏｄｅｃｙｌｓｕｌｐｈａｔｅ（ＣＴＡＢＳＤＳ）ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎｍｅｔｈｏｄ，ｇｅｎｏｍｉｃＤＮＡｋｉｔ ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎｍｅｔｈｏｄａｎｄｉｍｐｒｏｖｅｄｇｅｎｏｍｉｃＤＮＡｋ