成功药物靶标的SNP分析-生物物理学专业论文.docxVIP

摘 要 人类基因组中存在大量单核苷酸多态性位点 （ SNP ， single nucletide ploymorphysim），而其中很多会随着基因的表达和翻译传递到药物靶标蛋白中， 直接或间接影响药物与靶标的结合，从而产生抗药性。Hapmap 数据库中记录了 大量不同人种的 SNP 信息，由于特定 SNP 位点在不同人种中出现频率不同，所 以同一药物靶标在不同人种间可能存在不同的 SNP 频率，进而显示出不同的药 物抗性，也就是说不同种类的药物可能适用于不同人群。虽然现已发现很多不同 人种用药问题的案例，但是并没有研究者对上市药物（FDA 批准）与靶标 SNP 位点的关系作出评估。 本论文结合 Hapmap 数据库中不同人种的 SNP 信息对 TTD（Therapeutic Targets Database）数据库中成功靶标（至少存在一种上市药物，共 69 个靶标， 158 个 SNP 位点）进行了分析，结果显示多数靶标的 SNP 位点距离靶标活性位 点较远（Distance 15 ?，146 个 SNP，占总数的 92.4%；57 个靶标，占总数 82.6%）， 少数 SNP 位点距离活性位点较近（6 ? Distance 15 ?，12 个 SNP，占总数的 7.6%；12 个靶标，占总数 17.4%），并没有发现可与底物或药物直接相互作用的 SNP 位点（Distance 6 ?，0 个，0%）。由于靠近靶标活性口袋的 SNP 位点可能 会对药物的结合产生影响，所以对于这些靶标（突变位点距离活性位点较近的靶 标）我们运用分子动力学模拟（MD），结合自由能计算（MM/GBSA），氨基酸 残基分解（Residue Decomposition），主成分分析（PCA）等方法对其进行了研究。 为了能够较好的评估 SNP 位点对药物结合的影响，我们首先选用了已知抗 性机理的靶标 ALK（Anaplastic Lymphoma Kinase）的 C1156Y 突变体进行了突 变前后的动力学模拟及 MM/GBSA 计算，计算结果显示我们的模拟结果与先前 的报道完全一致，这说明 MM/GBSA 在区分药物结合能力强弱方面非常适用（突 变前药物结合的焓变为-37.67 kcal/mol，而突变后其焓变为-33.61 kcal/mol）。随 后我们用同样的方法对上述潜在抗性靶标（SNP 位点距离活性口袋较近的靶标） 及其药物复合体进行了突变前后的动力学模拟及 MM/GBSA 自由能计算评估。 结果显示有 3 个靶标（Cytochrome P450 3A4，Plasminogen，Peroxisome Proliferator Activated Receptor Alpha）在突变后会对其药物产生抗性，此研究结果可能对不 同人种的用药选择及针对个体的药物设计提供必要的依据。 关键词：SNP 位点；动力学模拟；MM/GBSA；氨基酸残基分解 I Abstract There are millions of SNPs in human genome, and many of them can transfer to proteins followed by genes expression. Therefore, they will directly or indirectly lead to a decrease of drug-target interactions, and then confer drug resistance. The HapMap database contains thousands of SNP information coming from different human species. As different human species have different SNP frequency, it will be the same case to their drug targets, hence different human species may confer difference in drug resistance, that is to say, different drugs may be suitable for different human species. Although many troubles have occurred in administration to different human species, up to date, researchers have not systemically studied the drug resistance be