鲱形目和鲉形目DNA条形码及电子芯片技术的初步研究-海洋生物学专业论文.docxVIP

摘要 摘要 Ab Abstract I I PAGE PAGE IV 摘要 在鱼类的系统进化中，物种鉴定是一项至关重要的问题，物种的准确分类鉴定是开展 生物学研究及其资源保护的前提和基础。然而鱼类生物栖息环境多样，多有“同种异形”和 “异种同形”现象，所以海洋鱼类的鉴定及分类存在许多困难。近年来，随着分子生物学的 发展，基于 DNA 序列的鉴定方法已成为物种鉴定的一种重要手段，它打破了分类学只能 依靠形态特征来完成的传统，为种水平的鉴定提供了有效的方法。本研究通过对鲱形目和 鲉形目鱼类线粒体细胞色素 c 氧化酶亚基 I（COI）序列的比较和系统进化分析，并根据序 列分析筛选探针，验证了 DNA 条形码及芯片技术在鲱形目和鲉形目物种鉴定中的可行性。 本研究利用鲱形目 4 科 41 属 90 个物种的 290 条序列和鲉形目 23 科 85 属 233 个物种 的 873 条序列，依据 Kimura-2-paramater（K2P）模型，分别计算了两个目物种的种内、种 间、属间及科间的遗传距离，对两个目进行系统进化分析，并通过条形码序列的相互比较， 筛选出物种特异性探针，利用软件进行探针与所有序列的虚拟杂交，最终得到结果如下: 1 以 COI 序列为基础的条形码技术能成功鉴定鲱形目物种。 在鲱形目遗传距离的分析中，计算得到其种内、种间、属间及科间遗传距离分别为 0.003、0.131、0.214 和 0.259，种间距离为种内距离的 41 倍。并且在系统进化树上 88（97.8%） 个物种的不同个体都能聚在一起，且都具有很高的支持度。几乎所有物种都能得到正确区 分，因此，本研究认为条形码技术在鲱形目的物种鉴定中是可行的。 2 以 COI 序列为基础的条形码技术能成功鉴定鲉形目物种。 在鲉形目的遗传距离分析中，计算得到其种内、种间、属间及科间遗传距离分别为 0.003、0.086、0.172 和 0.230，种间距离为种内距离的 29 倍。并且在系统进化树上 227 个 物种都能聚为独立分支，占总物种数的 97.4%。有部分物种间遗传距离过小，可能存在同 种异名的现象。种间距离与种内距离差异明显，且同一物种的个体在进化树上几乎全部聚 在一起，因此，本研究认为 DNA 条形码技术在鲉形目的物种鉴定中是可行的。 3 芯片技术在鲱形目及鲉形目的物种鉴定中成功率较低，效果不理想，但研制部分物 种的 DNA 芯片是可行的。 本研究中，鲱形目 90 个物种，通过序列比较共筛选出 52 个物种的特异性探针，其中 有 39 个物种的探针能与靶标序列特异性结合，能鉴定物种数占总物种的 43.3%；鲉形目共 233 个物种，共筛选出 87 个物种的特异性探针，其中有 60 个物种的探针能与靶标序列特 异性结合，能鉴定物种数占总物种的 25.8%。鉴定成功率较低。基于 COI 基因的 DNA 芯 片技术虽然不能很好的将鲱形目和鲉形目的所有物种进行正确区分，但对部分物种的鉴定 是可行的。 关键词：DNA 条形码，芯片，探针，鲱形目，鲉形目 Abstract In the phylogenetic of fishes, species identification is a critical issue. However, the wide variety of marine fishes and the differences of morphological characteristics of different growth stages bring many difficulties for their identification and classification.And different fishes live in the same environment may show the same characteristics, so there are many differences in the classification of fishes. In recent years, with the development of molecular biology, DNA-based identification methods offer an analytically powerful addition or even an alternative. It broke the traditional that taxonomy must rely on morphological, and provide an effective method for the identification of fishes. In thi