蛋白质的结构型、拓扑结构以及mRNA序列与蛋白质二级结构关系的研究-理论物理专业论文.docxVIP

tlr.J 尘j 摘要 ? ， .. ... 论文围绕蛋白质的结构挝、拓扑结构以及 lnRNA 序列与蛋白质二级结构 关系的研究这一主线展开，全文分五个部分。 第一部分:蛋白质结构型的定义。如 u紧结构峨的概念:山二级结构;}二序 列1--1 --段或几段边续的 α 螺旋和白片构成的空间紧密雄集的段大折叠休称为紧 结构:域。利用三种紧结构域 (α域， ?域和 α/? 域)定义球蛋白的五种结构型: 。挝、 自主仁 α/ 声 :11( 、多1.或不口三烈。将 1261 个有代表性的蛋白质(包拈 1022 家族):迸行分类?并不口 SCOP 序的分类作了比较。 γ 、 第二部分:蛋白质结构型的识别。队蛋白质的二级结构主序列 Jii 比提出 了兀余的概念，定义了兀余数量和长度?给!!:了不同结构 fU蛋白儿余数量和长 度的分布特性。统计结果表明。类蛋白中 30%、P 炎蛋白 1.1 1 84%、 α/? 炎蛋白 中 95%的序列不同程度地存在冗余?:月;余数量和刘余氏度主安分布在} ，3 的范 阻。利用二级结构参数给出了五种结构型的顶洲方案?预测成功率为 86%。给 jij 了 α 型、 6 挝、 a / ? \)飞多;与 !世蛋白质二级结构主序列六联休的分不 fi 规律。 以蛋白质二级结构 j 二序列三联体为参数?利 FIJ Mahalanobís 距离方法对上述四 种结构型的蛋白质.ì1t行预测 9 预测的总体准的东为 81%; 以蛋白质二级纠构主序 列中六联体的频数构成蛋白质的多样性源，利川 j 多样性增量极小化对上J凶手中 结构型进行预测?预测的总体准确率为 83%。 上地结构型预测方法也远于顶测 紧结构域。. 第二部分:蛋白质的框架结构的构建及拓扑结构预测。{从蛋白质二级结构 主序列出发 F 讨论了 a/? 类、。类和 α 类蛋白质的框架结构，发现这些蛋白质 的标准框架结构皆由→些基本单元组合而成?并且遵循一定的构建规则，指山 结构模式皆在二级结构序列基础上决定声因而 nT从二级结构序列预测框架结构。 定义了二级结构参数 F 丹:利用这些参数给Lf -[如扑结构的 }J}!岁月规则。) 第四部分:同义密码子的反常蛋白质二级结构偏好性和反常密码子对。:统 计分析了 119个人、 92个大肠杆菌蛋白质的 mRNA序列和蛋白质二级结构的关系 F 从二月太频数出发?研究了同义密码子使用对蛋白质二级结构的影响，证明了同 义密码子使用对蛋白质二级结构影响的程度在 10% 到20% 的量级。对于人和大 2 ， i哗1:论义: .lli (1/lJi útii 构剧、 Hl 扑tJi 构以戊 mRN 八月号夕IJ 1J 封 l1l历_级fJi 杠L关系时JI)IJr 肠杆菌， 400对二川大 I 11 ，在90%贵47水平，.-.分另IJ 千]79 对不附ox才、在 95%肯信水平_I-_ 分别有15对不口36对氨基酸，它们对应的密例子干;二月关休具有不同于氨基酸的反常 二级结构偏好性，并且这种反常不能归国于随机涨落。找到了置信度达 95% 以上 的密附对的， j并{丰:发砚这些信信.号具肘干千引.J行Tυl f的F内J片删削斗 第五部分:密码 子 附和转译速率对蛋白质二级结构影州分析。问研 究了正常和反常密码子对的转译速采和 RSCU 对编码蛋白质二级结构的倾向性 ， F， 发现反常密码子对倾向编码规则结构。着充分析了密码子三联体和四联体的转 译速率和 RSCU 对蛋 白质二级结构的影响，据密币ib二f 三联体和四联休在不同二级 结构 中的频数分布， 发现对于人和大肠杆菌都有 :高转译速率 H才倾向编码α螺旋、 不倾向编码 coiJ; 低转译速率时倾向编码 coil 、不倾向编码α螺旋的特征; ?片则 随转译速率表现 tij 明显的振荡。在-个 二级结构内部，密码子在不同段的转译 速率一般也是不均匀的。这些结果说明，蛋白质的 二级结构可能不完全决定于 氨基酸序列，也和转译速率有关。}可 F 关键词:蛋白质的结构型，二级结构序列，紧结构域 f 框架结构〉拓扑结构; 月太链折迭， mRNA 序列，向义密码子，转译速率，二级结构编码 司 3 ， ，.岭 I{!j 1:论文;当ilfl版 (IJ t.i f J 州、 J{J仆rtl?，t 作者论文目录 (1999.9一一←2002.7) 1. Proteins: Structure Function and Genetics 39: 9-25 (2000). Luo LiaoFu ，Li XiaoQin 专业类拔心(SCJ) lnner