蛋白质空间结构相似度算法模型的 研究与建立-电工理论与新技术专业论文.docxVIP

万方数据 万方数据 学位论文原创性声明 本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研 究所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人 或集体已经发表或撰写过的科研成果。对本文的研究作出重要贡献的个人和集 体，均已在文中以明确方式标明。本声明的法律责任由本人承担。 学位论文作者： 日期： 年 月 日 学位论文使用授权声明 本人在导师指导下完成的论文及相关的职务作品，知识产权归属郑州大学。 根据郑州大学有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留或向国家有关部 门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅；本人授权郑州 大学可以将本学位论文的全部或部分编入有关数据库进行检索，可以采用影印、 缩印或者其他复制手段保存论文和汇编本学位论文。本人离校后发表、使用学 位论文或与该学位论文直接相关的学术论文或成果时，第一署名单位仍然为郑 州大学。保密论文在解密后应遵守此规定。 学位论文作者： 日期： 年 月 日 摘要 摘要 摘 要 蛋白质是组成生物体的物质基础，是生物功能的体现者，生物体中的所有 重要组成部分都需要蛋白质的参与。根据生物学界的共识，蛋白质的结构和功 能是统一的，蛋白质的生物功能在很大程度上依赖于其空间结构，它的三维空 间最终决定了该蛋白质的生物功能，空间结构相似的蛋白质功能也往往相似。 对蛋白质空间结构和生物功能的研究不仅可以帮助生物学者理解蛋白质的作用 机理，而且对生命发展规律的研究有着重要的意义。 本文首先介绍了目前比较蛋白质相似度的几类方法，基于前人的研究基 础，提出了一种类似球壳碎片的空间划分方法，对目标蛋白建立球极坐标系， 根据球体半径、方位角和仰角将蛋白质划分区域，作为比较，分别将球体半径、 方位角和仰角划分成二等分和三等分，也就是将蛋白质分为 8 块和 27 块来进行 计算。并在多位生物信息学专家的建议下，选取原子个数、氨基酸个数、氨基 酸种类、C 原子个数、H 原子个数、O 原子个数、N 原子个数、P 原子个数、S 原子个数、P 原子位置、S 原子位置以及各模块的密度共十二个特征参数进行 分析。通过分析这十二个特征参数的相似度和运用 BLASTP 获得相似度之间的 关系，分别对二等分和三等分结果建立了线性模型和 BP 神经网络模型，来计 算蛋白质的相似度，并对建立的模型进行了比较分析。 本研究的主要创新点有： （1）提出了一种类似球壳碎片的空间划分方法，二等分和三等分球体半径、 方位角以及仰角将蛋白质分为 8 块和 27 块来进行计算。 （2）选取了十二个特征参数来进行计算，将蛋白质的空间结构和生物特性 进行了有效的结合。 （3）建立了全回归模型、逐步回归模型以及相关性回归模型三种线性模型， 并建立了 BP 神经网络模型与线性模型进行比较分析。 本研究可以解决 BLASTP 工作时有时存在没有发现显著相似性的问题，因 此，可以作为一个比较蛋白质相似度的补充方法。 关键词：蛋白质；相似度；回归分析；逐步回归；BP 神经网络 I Abstract Abstract Abstract Protein is the material basis of organisms and embodiment of biological function. Protein almost involves in all of the important component parts of the organisms. Understanding the three-dimensional structures of proteins can effectively reveal the function of a protein. Protein’s structure and function are unified and its biological function is largely dependent on its spatial structure. Proteins with Similar structures often have Similar functions. Study on protein structure and function not only helps people understand the acting mechanism of protein, but has great significance in studying the law of life development. The paper introduced the method of establishing the model of