分子动力学模拟法研究丹参酮IIA与胆固醇酯转运-天津中草药杂志社.PDF

中草药 Chinese Traditional and Herbal Drugs 第 44 卷 第 13 期 2013 年 7 月 ·1793 · 分子动力学模拟法研究丹参酮 IIA 与胆固醇酯转运蛋白的相互作用模式 1, 2 2 1, 2* 1 2 张 洁 ，谭初兵 ，徐为人 ，李晓博 ，汤立达 1. 天津医科大学 基础医学院，天津 300070 2. 天津药物研究院 天津市新药设计与发现重点实验室，天津 300193 摘 要：目的 通过研究丹参酮 IIA 与胆固醇酯转运蛋白（CETP ）的相互作用，探索其对CETP 的影响模式。方法 基于晶 体结构构建丹参酮 IIA 与 CETP 多种形式的复合结构，并以此为起始结构进行分子动力学模拟，模拟软件为 Gromacs 4.0，力 场 Gromos 96 53a6，温度 300 K，模拟时间20 ns ，记录轨迹，分析 CETP 整体形状和局部结构变化，考察丹参酮 IIA 与 CETP 的相互作用能量。结果 磷酯酰胆碱出口区和空腔都装满后 CETP 结构比较刚性，单装空腔 CETP 结构容易变化。对应于 CETP 框架结构的形态变化，在与不同配体复合形式下 CETP 两侧的出口区和磷酯酰胆碱出口区以及空腔差异较大，丹参酮 IIA 与 CETP 相互作用较强的情况出现在 2 个磷酯酰胆碱出口位置和空腔左侧位置。结论 CETP 是一个结构比较容易变化的 载体蛋白，受装载配体结构和数量的影响容易发生相应变化，丹参酮 IIA 可能具有通过与磷酯酰胆碱或胆固醇酯共同作用影 响 CETP 的形态，从而抑制其转运的能力。 关键词：丹参酮 IIA ；胆固醇酯转运蛋白；相互作用；转运；分子动力学 中图分类号：R965.1 ；R977.15 文献标志码：A 文章编号：0253 - 2670(2013)13 - 1793 - 08 DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2013.13.017 Molecular dynamics simulation of interaction mode between tanshinone IIA and cholesteryl ester transfer protein 1, 2 2 1, 2 1 2 ZHANG Jie , TAN Chu-bing , XU Wei-ren , LI Xiao-bo , TANG Li-da 1. Basic Medical College, Tianjin Medical University, Tianjin 300070, China 2. Tianjin Key Laboratory of Molecular Design and Drug Discovery, Tianjin Institute of Pharmaceutical Research, Tianjin 300193, China Abstract: Objective To investigate the interaction between tanshinone II (TS II ) and cholesteryl ester transfer protein (CETP), and A A to explore the ways of impact on CETP. Methods The various structures of TS IIA and CETP were built based on the crystal structure and then performed molecular dynamics (MD). The simulation software is Gromacs 4.0 with force field of Gromos 96 53a6. The tempe