厦门大学进化生物学第10章分子进化与分子系统学.pptVIP

2）大分子的选择 标准：亲缘关系较近的物种使用进化速率较快的基因（如线粒体基因）；亲缘关系较远的物种使用进化速率较慢的基因（如管家基因）。 3）同源序列的比对(alignment of sequences) S1 AGACCTAGT S2 AGACTTGT S3 AGAACCTAGT S3 AGAACCTAGT S1 AGA-CCTTGT S2 AGA--CTAGT 4）比较特征：相似性和距离数据 相似性（similarity, S）和距离(distance)，即所谓的比较特征，是评价一对分子序列之间关系的特征值。距离也即是相异性或不似性（dissimilarity, dS）。S= 1-dS 相似性的计算通常要考虑如下几个数值： Nm——匹配（相同）的位点数目 Nu——不匹配的位点数； Nt——序列位点总数； Ng——空隙数。 5）树系的构建 主要方法： 最大简约法（maximum－parsimony method ） 邻接法（Neibohood-jointing method） 最大似然法（maximum likelihood method） 贝叶斯法（bayes method） 6）树系可信度的检验 检验方法：靴襻法（bootstrap method）和大折刀法（jackknife method） 靴襻法：对所比较序列上的替换位点作多次随机取样，根据每次取样的数据可以得到新的树系图。 7）树图举例 3. 分子系统树的研究进展 基于16S rRNA的早期研究 基于线粒体的研究 基于多种基因的研究 基于全基因的研究 五、古分子系统学 定义：对古生物大分子（古蛋白质，古DNA）进行系统研究。DNA相对比蛋白质稳定，特殊条件下（干燥，与氧气隔离，极低温度）保存的DNA可用于系统分析。 一）古蛋白分子研究 上世纪50年代，人们发现骨和壳化石中的多肽可保存几千万年乃至若干亿年。但目前由于受到蛋白质研究方法的限制，因此其在系统学研究中的作用并不广泛。 二）古DNA的研究 DNA比蛋白质更加稳定，所含遗传信息更多，研究方法成熟（PCR、克隆、测序等），因此更适合古分子系统学研究。 三）古分子系统学研究进展 Sequencing the nuclear genome of the extinct woolly mammoth Nature, 2008 (456), 387-390 A Draft Sequence of the Neandertal Genome Science, 2010 (328), 710-722 六、分子钟（molecular clock） 定义：就是将分子系统学研究与古生物学资料相结合而建立的用于推论生命史上进化事件发生的时间表。前面已经说过，如果分子进化速率恒定，分子进化改变量（替换数或替换百分率）与分子进化时间呈正比。由已知的资料可以获得分子进化改变量-进化时间的对应曲线，并用它来推断未知进化事件发生的可能时间。 分子钟建立程序 1）确定生物大分子和物种 2）从古生物学方面确定各物种分歧时间 3）比较各物种该生物大分子之间的差异及分子种的建立 脊椎动物主要类群分化时间 * 更多PPT模板资源，请访问企业ppt模板-免费模板网 /qiyepptmoban/ * 思考题 生物遗传物质进化的主要表现在哪几个层次？ 基因功能进化的主要方式？ 新基因产生的主要方式有哪些？ 主要内容 一、什么叫分子进化？ 二、分子进化的两大特点 三、分子进化的中性突变理论 四、分子系统学和分子系统树 五、古分子系统学 六、分子钟 一、什么叫分子进化？ 1. 原始生命出现之前的进化，进化主要表现在分子层次上，即表现在生物分子的起源和进化上。 2. 细胞生命产生之后，进化发生在生物分子、细胞、组织、器官、个体、群体等各种层次上，分子进化是生物在分子层次上的进化。研究议题为生物大分子结构变化以及这些变化和生物进化的关系等。 分子进化研究的主要对象 核酸 蛋白 1.生物大分子进化速率相对恒定 2.生物大分子进化的“保守性” 二、分子进化的两大特点 分子进化速率：核酸或蛋白质等生物大分子在进化过程中碱基或氨基酸发生替换的频度，以年为单位，可表示为： K =d/2tN K：分子进化速率 d：氨基酸或核苷酸替换数目 N：大分子结构单元（氨基酸或核苷酸）总数 t：进化时间 1）核酸或蛋白质等生物大分子差异比例的计算 Y Z X t=20 Ma X: A C T G A T C G A A - T T C A G A T T T C A G G A 25 Y: A C A G A T C G C A G T G C - G C T T G C A G