基于cuda的蛋白质点检测快速实现方法研究-通信与信息系统专业论文.docxVIP

I III separated proteins for pre-test results in a variety of overlapping protein spots were analyzed using overlapping shapes mark a watershed algorithm proteins were separated on the basis of this study parallel design ideas. Thirdly, on the characteristics of gel image and the basis of executive model of single instruction multiple threads of CUDA, separating data space into 2D image blocks, and dividing the whole algorithm into multiple sub operations. And then the various optimizing measures such as shared memory and 2D texture memory used to achieve the fast implementation method of protein spots detection. The last, under the experimental platform of VS2010, the CPU serial algorithm and GPU parallel algorithm were discussed. The result turns out that the operative efficiency of the fast detection method described in this paper was obviously improved compared with CPU serial operation method. Keywords: GEL Image, Protein Spots Detection, Image Preprocessing, CUDA, Parallel Processing 南昌航空大学硕士 南昌航空大学硕士学位论文 目录 目录 摘要 I ABSTRACT II 第一章 绪论 1 1.1 研究背景及意义 1 1.2 国内外研究现状 2 1.2.1 凝胶图像预处理研究现状 2 1.2.2 蛋白点检测算法研究现状 3 HYPERLINK \l _TOC_250003 1.2.3 CUDA 并行计算研究现状 5 1.3 本文的主要工作及章节安排 5 HYPERLINK \l _TOC_250002 第二章 CUDA 并行计算体系 7 HYPERLINK \l _TOC_250001 2.1 CUDA 协同处理体系 7 HYPERLINK \l _TOC_250000 2.2 CUDA 的软硬件体系 7 2.2.1 软件体系 7 2.2.2 硬件体系 9 2.3 线程模型 10 2.4 存储器模型 11 2.5 本章小结 13 第三章 基于 CUDA 的凝胶图像预处理快速实现方法 14 3.1 概述 14 3.2 NLM 算法并行化设计 14 3.2.1 算法原理 15 3.2.2 并行化设计研究 17 3.3 TOP-HAT 算法并行化设计 19 3.3.1 top-hat 算法原理 19 3.3.2 并行化设计研究 20 3.4 CUDA 并行化实现 21 CUDA 程序主要技术实现 21 CUDA 并行实现 22 3.5 实验及结果分析 23 I I II 3.5.1 实验平台介绍 23 3.5.2 NLM 算法实验结果及分析 24 3.5.3 top-hat 算法实验结果及分析 27 3.5 本章小结 29 第四章 基于 CUDA 的蛋白点检测快速实现方法 31 4.1 概述 31 4.2 蛋白质点预检测并行化研究 32 4.2.1 内、外标记控制分水岭算法分析 32 4.2.2 并行化设计研究 33 4.3 重叠蛋白质点分离并行化研究 36 4.3.1 重叠蛋白质点分离方法 37 4.3.2 并行化设计研究 39 4.4 CUDA 并行实现 40 4.5 实验结果及分析 41 4.5.1 蛋白质点预检测实验结果及分析 42 4.5.2 重叠蛋白