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2019-01-13 发布于湖北
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第三届中国R语言会议 R与Python在昼夜节律分析中的应用杨仁东杨仁东杨仁东杨仁东 cauyrd@ 中国农业大学生物学院中国农业大学生物学院06级博士级博士中国农业大学生物学院中国农业大学生物学院级博士级博士 2010.6.15 1 报告提纲报告提纲报告提纲报告提纲 1 昼夜节律的定义与分析 2 昼夜节律的数学模型 2 3 R分析生物时间序列的周期性 2 4 Python调用R进行节律的建模 5 模拟数据与实验数据的分析结果 6 BioClock计算平台 2 1. 1 昼夜节律定义昼夜节律定义昼夜节律定义昼夜节律定义 • 昼夜节律昼夜节律，英文称为，英文称为Circadian Rhythm, 昼夜节律昼夜节律，，英文称为英文称为是一种以是一种以24小时左右为周期变化的生理学小时左右为周期变化的生理学是一种以是一种以小时左右为周期变化的生理学小时左右为周期变化的生理学过程过程过程过程 • 昼夜节律就是我们通常意义上讲的生物钟昼夜节律就是我们通常意义上讲的生物钟昼夜节律就是我们通常意义上讲的生物钟昼夜节律就是我们通常意义上讲的生物钟 3 1.2 不同物种中的昼夜节律不同物种中的昼夜节律不同物种中的昼夜节律不同物种中的昼夜节律 4 报告提纲报告提纲报告提纲报告提纲 1 昼夜节律的定义与分析 2 昼夜节律的数学模型 2 3 R分析生物时间序列的周期性 2 4 Python调用R进行节律的建模 5 模拟数据与实验数据的分析结果 6 BioClock计算平台 5 5 3.3 昼夜节律的数学模型昼夜节律的数学模型昼夜节律的数学模型昼夜节律的数学模型 Phase(相位): peak Period(周期): 两个连续 time所在的时间点峰值之间的距离