鲢中国土着群体与海外移居群体遗传多样性的AFLP分析.DOC

《鲢中国土著群体与海外移居群体遗传多样性的AFLP分析》 （稿件编号：20091006674稿件）修改说明 对照专家意见和编委会意见逐条进行了修改，说明如下： 摘要中对背景的介绍可省略。 同意专家、编委会的意见，对其进行了删除。 EcoRⅠ、MseⅠ前3个字母（来自该限制酶生产菌株的属名和种名）都应该用斜体，而不仅仅是第2和第3个字母斜体。 同意专家、编委会的意见，对文字格式进行了修改。 3. 材料与方法中，描述限制性酶切、连接反应体系，各种试剂、DNA模板仅仅写出体积还不够，应写出浓度，才能确定用量；或者直接写出用量。另外，PCR反应中Taq酶的用量有没有写错？一般一个反应1-1.5U就够了，但文中却用了10U以上。 对酶切、连接反应体系中使用各类试剂和产物的浓度进行了补充：如20U/μL的 EcoRⅠ0.25 μL，10U/μL的 MseⅠ0.25μL，20pmol/μL的DNA（模板） 1μL等。 PCR反应体系中使用的2×Taq Master Mix，为天根生化科技（北京）有限公司生产的一种PCR试剂盒（主要成分为：0.05 U/μL Taq酶，0.4mM dNTP、4mM MgCl2和反应缓冲溶液）。本实验中PCR反应使用“2×Taq mix 10 μL（Taq酶实际用量为0.5 U）”，原文中误写成“2×Taq mix 酶（2.5 U/μL）10 μL”。现已修改。 4. AFLP扩增产物用什么厂家的电泳仪进行电泳分析？请说明。为什么每对引物扩增获得的条带平均只有38个（偏少了）？请作说明，并请提供电泳及银染结果的图片。 本实验使用的是北京六一仪器厂的DYY-10C电泳仪和DYCZ-20C垂直电泳槽。 由于本实验中显带技术采用硝酸银快染，显色效果不是最好，分辨率低于荧染、同位素放射自显。另一方面，为了保证读带的准确性和减少人为误差，小于300bp（条带较模糊、跑带不够整齐），大于700bp（条带过于密集）区域的条带均未作统计，所以最终统计得到的条带数较少。 正文中补充了部分电泳及及银染结果的图片（图1）。 5.文中在与外移的群体进行多样性比较时，将长江、黑龙江、珠江等来源的全部样品看做一个“土著群体”，认为“中国土著群体”的多样性高于外移群体。但众所周知该三条江因为地理阻隔，其鲢鱼并无法自由进行基因交流，属于完全相互分隔而且有“显著分化”的不同种群，因此不能作为一个群体进行比较，至少，在叙述上应该说明是“中国本土鲢总的遗传多样性”，而不是“中国土著群体”。请作修改。 本研究主要是比较鲢土著群体与海外移居群体的遗传多样性大致情况，为了在总体上把握，我们试将长江、黑龙江、珠江来源的全部样品看做一个大“土著群体”。海外移居群体的背景资料模糊，世界各地引种的确切产地来源、数量等记载与资料不全，特别是多瑙河，许多欧洲国家都有引种或多次引种，究竟是由哪些国家引种的鲢逃逸进入多瑙河也无准确说法，难以做更细致的分析，所以，我们试将它看作是由大的“土著群体”中部分个体后代形成的“移居群体”。的确，这种处理技术上较粗略，也缺乏很充分的依据。 同意专家意见，在叙述上将“中国土著群体的遗传多样性”修改为“中国土著鲢总的遗传多样性”。 6.多瑙河、密西西比河的鲢来源于中国的哪个水系，为何与珠江鲢亲缘关系最近？密西西比河的呢？最好能进行调研，加以讨论。另外，表5显示珠江鲢与黑龙江鲢遗传差异（遗传距离）较大，但是图1中两者却优先聚类，而后再与长江鲢聚类，前后相互矛盾。这可能与UPGMA作图法的缺陷有关，作者是否尝试过NJ法，结果如何？请作修改，并加以讨论。 美国密西西比河鲢具体来源不明，最初源自中国哪个水系（长江、珠江）由于年代较远，难以考证。多瑙河流域范围广，流经许多东欧国家。现有资料分析，较大规模引种的欧洲国家是前苏联，之后由前苏联传入东欧国家，如匈牙利等，此外，欧洲国家还直接从中国引进鲢，或多次引进鲢。因此，多瑙河的鲢群体究竟是由哪些国家的鲢逃逸后形成的，现无法考证。 原文中长江群体与黑龙江群体遗传距离最近，珠江群体与黑龙江群体最远，与后文中的UPGMA图不一致，是因为计算遗传距离时将长江两个采样群体（老河、邗江）合并为一个长江群体，而UPGMA聚类时长江两个采样群体分别视为单独群体，由于长江内两个采样群体间存在明显差异，导致前后产生矛盾。 现将老河、邗江合并为长江群体，再与其他群体形成5个水系群体，修改了表4，5；同时采用NJ法对鲢5个水系群体的亲缘关系重新进行了制作（图2），国内土著群体中，长江与黑龙江群体最先聚类，再与珠江水系聚类，与表中的遗传距离数据得出的关系基本一致。由于长江内两个采样群体间存在差异，合并后的长江群体与国内土著群体最先聚类，最后与多瑙河、密西西比河海外群体聚类，与原图有些差异。 鉴于海外移居群体引种的详细