基于DNA甲基化的水稻与陆稻的表观遗传分化研究-作物遗传育种专业论文.docxVIP

研究生优秀毕业论文 基于DNA甲基化的水稻与陆稻的表观遗传分化研究目 基于DNA甲基化的水稻与陆稻的表观遗传分化研究 目 录 摘要 i Abstract ． ．iii 缩略词 vi 1前言 ．．1 1．1表观遗传 1 1．1．1 DNA甲基化 1 1．1．2甲基化／去甲基化发生的生物学机制 2 1．1．3基因组甲基化的遗传变异 3 1．1．4基因组甲基化的检测方法 4 1．1．5 DNA甲基化的作用 7 1．1．6抗旱性及其研究进展 ．．11 1．2水陆稻的抗旱性差异 ．1 3 1．2．1水陆稻的形态差异 ．．13 l。2。2水陆稻的生理指标差异 一1 4 1．2．3水陆稻的基因组差异 ．．14 1．3 DNA甲基化在水稻干旱胁迫中的作用 14 1．4实验内容和技术路线 ．15 1．5研究目的和意义 ．15 2材料和方法 17 2．1实验材料 ．1 7 2．2实验方法 ．1 7 2．2．1相对含水量的测定 ．．18 2．2．2存活率的测定 ．．． 18 2．2．3生理指标的测定 ．．1 8 2．2．4 DNA提取和检测 。19 2．2．5 DNA甲基化MSAP标记的扩增和检测 19 2．3．数据的统计分析 ．23 3结果与分析 26 万方数据 华中农业大学2015届硕士学位论文3．I表观遗传数据 华中农业大学2015届硕士学位论文 3．I表观遗传数据 ．26 3．1．1甲基化敏感扩增多态性条带 ．．26 3．1．2单位点的甲基化比例 26 3．1．3甲基化、非甲基化相对水平 ．．27 3．1．4表观遗传多样性 一29 3．1．5表观遗传结构 ．．3 1 3．1．6表观遗传分化指数 ．．37 3．I。7选择性位点的检验 ．．41 3．1．8处理前后各群体选择性位点的Ost 44 3．1．9处理前后各群体选择性位点的甲基化率 ．．45 3．2表型数据 ．46 3．2．1相对含水量、存活率 ．．46 3．2．2生理指标 ．．46 3．2．3表型数据与表观遗传数据的关系 ．．47 4．讨{仑 50 4．1CKJOS／RO条件下几种甲基化类型的变化水平 50 4．2处理前后甲基化水平 ．50 4．3群体结构 ．5 l 4．4选择性位点 ．52 4．5不同群体、地区的选择性位点的表观遗传分化指数与降雨量的关系．52 4．6处理前后选择性位点的甲基化率 ．53 4．7表型与表观遗传的关系 ．54 4．8总结与展望 ．54 参考文献 56 附录 65 附录I ．65 附录II 72 致谢 73 II 万方数据 基于DNA甲基化的水稻与陆稻的表观遗传分化研究摘要 基于DNA甲基化的水稻与陆稻的表观遗传分化研究 摘要 水稻的生产越来越受到水资源匮乏的限制，节水抗旱稻能够提高水分的利用效 率减轻干旱带来的威胁。陆稻作为培育节水抗旱稻的重要材料在抗旱表型和基因组 上与水稻有一定的差别。DNA甲基化作为表观遗传的重要方面，在植物抵御非生物 胁迫、增强环境适应性中起着重要作用。 本文采用甲基化敏感多态性(MSAP)技术研究了来自河北、江苏、广西和贵 州的180份水稻和陆稻地方品种，分析了水稻、陆稻的表观遗传分化及在受到 20％PEG胁迫与复水后的DNA甲基化变化的差异。此外，还比较了表观遗传分化与 遗传分化之间的异同，测定了几个与渗透胁迫有关的表型指标。本研究的主要结果 与结论如下： 1．20％的PEG胁迫处理促使水稻DNA甲基化整体水平略有升高。非甲基化带 型11在正常条件(CK)下占42．7％，受到PEG胁迫(OS)后减小为40．8％，外部 胞嘧啶甲基化带型10在CK和OS中分别为18．4％、16．7％，超甲基化带型oo的变 化恰好相反，CK时为13．2％，OS时为17．O％。 2．水稻、陆稻之间的多态性位点百分比差异要小于籼稻、粳稻之间的差异，粳 稻中的多态性位点百分比都要高于籼稻。香农指数在各群体之间的差异不大。 3．PEG处理使过半数的位点甲基化状态发生了改变但在几个群体中差异不大。 处理前后粳陆、粳水、籼陆、籼水中去甲基化比例分别为22．96％、26．55％、23．69％、 22．99％，甲基化比例为29．60％、26．36％、29．92％、30．95％。在甲基化状态变化过 程中lO．1l／11．10这种条带变化比例最多，在未变化的位点中非甲基化状态比较稳定。 4．CK、OS条件下表观遗传和基因组的主成分分析(PCA)结果分别共解释总 变量的58．08％、51．70％、73．74％。表观遗传的PCA结果中，在CK条件下第一和 第二主成分分别解释变量的37。11％、20。97％，在粳稻中水陆分化比较明显。遭受 20％PEG胁迫之后，第一和第二主成分分别解释变量的34．51％、17．19％。在基因组 的PCA结果中，第一和第二主成分分别解释变量