基于蛋白质相互作用网络的功能模块识别及功能预测研究-控制科学与工程专业论文.docxVIP

万方数据 万方数据 The Detection of Functional Modules and Protein Function Prediction Based on Protein-protein Interaction Networks Candidate：Wang Xiaomin Supervisor：Prof. Wang Zhengzhi A dissertation Submitted in partial fulfillment of the requirements for the degree of Doctor of Engineering in Control Science and Engineering Graduate School of National University of Defense Technology Changsha，Hunan，P.R.China September，2013 万方数据 万方数据 万方数据 万方数据 r一一一 11 独创性声明 本人声明所呈交的学位论文是我本人在导师指导下进行的研究工作及取得的 研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其 他人已经发表和撰写过的研究成果，也不包含为获得国防科学技术大学或其它教 育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何 贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。 学位论文题目: 如制在视妇乎咱两惚白伪挪旅院伊 队 1T色祀在.!}?-斗农 学位论文作者签名: 王略L做  日期: .)OJ!; 年  月冲目 学位论文版权使用授权书 本人完全了解国防科学技术大学有关保留、使用学位论文的规定。本人授权 国防科学技术大学可以保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子文 档，允许论文被查阅和借阅;可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库 进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。 (保密学位论文在解密后适用本授权书。) 学位论文题目 :f 千刷刷饰店附仇份 l恒越传以城沪 j主冽衔1纪 学位论文作者签名: 互仇  目期: 月3 年 f 月纠日 作者指导教师签名: :t 7T--乞1  日期:  μ少年?  月儿?日 国防科学技术大学研究生院博士学位论文 国防科学技术大学研究生院博士学位论文 万方数据 万方数据 目 录 摘 要 i ABSTRACT iii 第一章 绪论 1 1.1 引言 1 1.2 研究背景 2 1.2.1 基于 PPI 网络的功能模块识别研究 2 1.2.2 基于 PPI 网络的蛋白质功能预测研究 5 1.3 论文的主要工作与创新 8 1.3.1 主要研究内容 9 1.3.2 主要创新点 10 1.4 论文结构 11 第二章 背景知识介绍 15 2.1 引言 15 2.2 蛋白质组学和系统生物学 15 2.3 蛋白质相互作用和 PPI 网络 17 2.4 PPI 网络的模块性 20 2.4.1 模块性 20 2.4.2 功能模块和蛋白质复合体 21 2.5 GO 数据库 23 2.6 图论中的基本概念 24 2.6.1 节点的度 24 2.6.2 图的密度 26 2.6.3 最小路径和节点间的距离 26 2.6.4 完全子图和近似完全子图 27 2.7 本章小结 28 第三章 基于 HKC 的蛋白质功能模块识别方法 29 3.1 引言 29 3.2 实验数据与相关概念 30 3.2.1 实验数据 30 第 I 页 万方数据 万方数据 3.2.2 凝聚度 32 3.3 HKC 算法 33 3.3.1 打分 33 3.3.2 识别团的过程 34 3.3.3 后处理过程 37 3.4 算法验证 37 3.4.1 与已知蛋白质复合体的比较 38 3.4.2 功能分类方法 39 3.4.3 GO 注释方法 40 3.5 结果和讨论 42 3.5.1 实验 42 3.5.2 参数对于算法性能的影响 42 3.5.3 重叠率阈值对结果的影响 45 3.5.4 同相关方法的比较 46 3.5.5 讨论 53 3.6 本章小结 57 第四章 蛋白质相互作用加权方法研究 59 4.1 引言 59 4.2 随机游走和权重向量 60 4.2.1 可重启随机游走算法 60 4.2.2 权重向量 62 4.3 基于 GO 的蛋白质相似度定义 63 4.4 不同加权方法对 MCL 算法的影响 65 4.4.1 MCL 算法 65 4.4.2 结果与讨论 66 4.5 本章小结 72 第五章 基于不同加权方法的蛋白质功能模块识别