金属离子对蛋白剪接的抑制作用及XAFS方法研究Cu(His)2水溶液的配位方式-无机生物化学专业论文.docxVIP

1 1 第一章 蛋白剪接与蛋白内含子简介 1.1 引言 自 1990 年在酵母 VMA1，液泡 ATP 酶的一个亚基发现蛋白剪接，为生物化 学领域打开了一个新的篇章。与 RNA 转录后剪接类似，蛋白剪接是一种在蛋白 翻译后对蛋白进行修饰的方式，这一过程不需要任何辅助因子（cofactors）也不 需要辅酶（auxiliary enzymes），在自我催化下，全长的无功能的蛋白进行重组， 中间的肽段，即蛋白内含子（internal protein sequece, intein）从两侧即蛋白外显 子（external protein sequence, extein）处剪接下来，形成有功能的成熟蛋白（1-2） 图 1.1 蛋白剪接示意图 1.1.1 蛋白质剪接反应机理 蛋白剪接可以分为顺式 cis 和反式 trans 两种，cis-splicing 是一个完整蛋白内 含子介导的蛋白剪接过程，而 trans-splicing 是分裂的内含子（split intein）介导 的蛋白剪接过程。大体上蛋白剪接的过程由四步组成，分别是第一步为蛋白内含 PAGE PAGE 10 子 N 端第一个残基半胱氨酸（Cys1）或丝氨酸（Ser1）引发的 N→S 或 N→O 酰 基重排，在内含子 N 端和外显子连接处形成酯基或硫酯基中间产物；第二步， 外显子的 C 端第一个氨基酸，通常是半胱氨酸，丝氨酸或苏氨酸，命名为+1 残 基，亲核进攻酯基/硫酯基，结果内含子 N 端酯基/硫酯基裂解，N 端外显子被转 移到+1 残基的侧链上，形成分支酯基/硫酯基中间产物；第三步，内含子 C 端天 冬酰胺环化，带着氨基琥珀亚酰胺残基的内含子从蛋白前体上被切下，两段外显 子由酯基/硫酯键相连；第四步，氨基琥珀亚酰胺残基自发水解，连接两段外显 子的酯基发生重排形成稳定是酰胺键（1,2）。如下图所示： 图 1.2 蛋白剪接机理 如果内含子部分是分裂的蛋白片段，则此时的蛋白剪接为反式剪接（trans splcing）。天然的分裂蛋白内含子（split intein）发现于 Synechocystis sp. PCC6803 （Ssp DnaE intein）和 Nanoarchaeum equitans Kin4-M（Neq Pol intein）中。前体 蛋白分裂的两段中的每一段的基因在环形基因组的 DNA 双螺旋相隔 80kb 的相 反的链上。仅当前体蛋白的两端找到对方，组合成有活性的蛋白内含子并剪接形 成有功能的 Pol 或 DnaE 蛋白，细胞才能存活（2）。如下图所示： 图 1.3 分裂蛋白内含子剪接示意图 1.1.2 蛋白内含子的分布、命名及结构 蛋白内含子被定义为，一段处于前体蛋白框架内的蛋白序列，并可以在形成 成熟蛋白的过程从两侧的蛋白序列中剪接下来形成成熟的有功能的蛋白。蛋白内 含子作为一个术语既可以指位于前体蛋白内的蛋白序列，也指从前体蛋白内剪接 下来的成熟蛋白（1）。蛋白内含子一般由 134 至 650 个氨基酸残基组成，按照 惯例分为两类，经典的蛋白内含子（ classical inteins ）和小蛋白内含子 （mini-inteins）。对大多数蛋白内含子的研究表明，一个蛋白内含子通常包含 10 个保守的氨基酸序列基序，即 A, N2, B, N4, C, D, E, H, F 和 G。小蛋白内含子没 有中间的 C, D, E 和 H 基序，而是由一小段连接区域（Linker region）代替。如 下图所示，（a）为经典蛋白内含子，（b）为小蛋白内含子： 图 1.4 蛋白内含子结构 有的时候内含子的前提蛋白来源于两个基因，内含子是不连续的两段组成 的，这种内含子称为分裂内含子（split intein）。如图所示自然界天然存在的线 虫内的 DnaE 分裂内含子（Ssp DnaE intein）： 图 1.5 线虫内的分裂蛋白内含子 DnaE split intein 蛋白内含子的分布非常广泛，已知的 100 种 intein 来源于真核生物，细菌和 古细菌，分布在 33 种宿主蛋白的 48 个位置。蛋白内含子的宿主蛋白种类繁多， 有 DNA 和 RNA 聚合酶，核苷酸还原酶，H+ATP 酶，蛋白酶，代谢相关酶等。 这些蛋白中有些有几个蛋白内含子融合位点，有时候两个或三个蛋白内含子位于 同一个蛋白宿主内。非等位蛋白内含子之间的序列相似性很低，但是所有的蛋白 内含子的蛋白剪接域都含有五到六个相同的序列基序构成的活性位点（2）。 蛋白内含子的名字应该包括物种（3 字母缩写）和基因名称，如果一个基因中 出现多个蛋白内含子，则蛋白内含子应该自前体蛋白 N 端起编号。例如， S.cerevisiae VMA intein 应该被命名为 Sce