桑树类甜蛋白家族鉴定与生物信息学分析探究.pdfVIP

江苏农业学报(JiangsuJ.of Agr.Sci.),2017,33(5):998~1006 998 http:/ / 刘 潮,韩利红,宋培兵,等. 桑树类甜蛋白家族鉴定与生物信息学分析[J].江苏农业学报,2017,33(5):998-1006. doi:10.3969/ j.issn.1000-4440.2017.05.007 桑树类甜蛋白家族鉴定与生物信息学分析 刘 潮, 韩利红, 宋培兵, 王德琴, 袁国芳, 王海波, 唐利洲 (曲靖师范学院云南高原生物资源保护与利用研究中心/ 生物资源与食品工程学院/ 云南省高校云贵高原动植物多样性及生 态适应性进化重点实验室,云南 曲靖 655011) 摘要: 为了全面分析桑树类甜蛋白家族基因特征,从桑树全基因组中鉴定类甜蛋白家族(Thaumatin-like pro- tein,TLP)基因,并对基因结构和组成、蛋白质结构域和系统进化以及密码子使用特性进行分析。 通过研究,筛选并 鉴定了25个桑树TLP家族成员。 多数具有典型的索马甜家族标签和保守氨基酸残基。 基因结构分析结果表明, 12个 TLP基因家族成员含有 1个内含子,10个成员含有2个内含子,且内含子相位较保守。 系统进化分析结果显 示,桑树TLP分为8个聚类组,组内序列一致性较高。 密码子偏性分析结果显示,桑树TLP家族基因密码子第3位 的核苷酸使用偏性较弱,多数基因的进化主要是由碱基随机突变造成的,属于低表达基因,少数基因受自然选择压 力影响,基因表达水平较高,在植物响应环境胁迫中发挥作用。 关键词: 桑树; 类甜蛋白; 系统进化; 密码子偏性 中图分类号: S888.71 文献标识码: A 文章编号: 1000-4440(2017)05-0998-09 Identification and bioinformatics analysis of thaumatin-like protein family inMorus notabilis LIU Chao, HAN Li-hong, SONG Pei-bing, WANG De-qin, YUAN Guo-fang, WANG Hai-bo, TANG Li-zhou (Centerfor Yunnan PlateauBiologicalResourcesProtectionand Utilization/ Collegeof BiologicalResourceandFoodEngineering/ KeyLaboratoryof Yunnan Province Universities of the Diversity and Ecological Adaptive Evolutionfor Animals and Plants on Yungui Plateau, Qujing Normal University, Qujing 655011,China) Abstract: In order tocomprehensivelyunderstandthegeneticcharacteristicsofthaumatin-likeprotein (TLP)fami- ly,the TLP genesof mulberrywholegenomewereidentified,andthegenestructure,proteindomain,phylogeny andcodon usage biaswere analyzed. A total of 25TLP sequenceswere identified,most of which havethetypical thaumatin sequence and conserved amino acidresidues.Eachof 12TLPfamilymemberscontainsonec