梨CDPK基因家族全基因组序列鉴定分析探究.pdfVIP

江苏农业学报(JiangsuJ.of Agr.Sci. ),2015,31(3):659~666 http:/ / 659 许园园,李晓刚,李 慧,等. 梨CDPK基因家族全基因组序列鉴定分析[J].江苏农业学报,2015,31(3):659-666. doi:10.3969/ j.issn.1000-4440.2015.03.031 梨CDPK 基因家族全基因组序列鉴定分析 许园园, 李晓刚, 李 慧, 蔺 经, 常有宏 (江苏省农业科学院园艺研究所,江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室,江苏 南京 210014) 摘要: CDPK是植物特有的一类丝氨酸/ 苏氨酸型蛋白激酶,在介导植物生育信号和逆境信号转导中具有重 要作用。 为揭示CDPK基因在梨生长发育与抗逆防御机制中的作用,本研究通过生物信息学手段,结合梨基因组 注释信息,鉴定梨基因组中CDPK家族基因成员,利用MEGA6.0程序进行多序列比对、分类并构建系统进化树;利 用per1程序以及GSDS工具进行基因结构与保守性分析,为植物CDPK基因功能分析与利用提供依据。 结果表明, 本研究成功鉴定出26个CDPK家族成员,根据系统发育树分析,所有PbCDPK 被分为4 类;基因结构预测结果表 明,大多数PbCDPK均含有6~7个内含子;且预测的PbCDPK氨基酸序列绝大多数含4个EF-hand功能域;为了深 入分析梨与其他物种的同源进化关系,构建了梨与拟南芥、水稻的CDPK基因系统进化树,进化树聚类分析结果将 所有的CDPK蛋白分为四类。 综上所述,目前已初步获得26个梨CDPK基因,为在基因组范围内研究CDPK基因在 梨生长发育与逆境响应中的功能奠定了基础。 关键词: 梨; CDPK家族基因; 全基因组鉴定; 系统进化 中图分类号: S661.2 文献标识码: A 文章编号: 1000-4440(2015)03-0659-08 Identification of calcium-dependent protein kinase(CDPK) gene family in pear(Pyrus bretschneideri Rehd) XU Yuan-yuan, LI Xiao-gang, LI Hui, LINJing, CHANG You-hong (Institute of Horticulture,JiangsuAcademy of Agricultural Sciences,JiangsuKey LaboratoryforHorticultural Crop GeneticImprovement,Nanjing 210014, China) Abstract: Calcium-dependent protein kinases (CDPKs),classified into one kind of Ser/ Thr kinases in plants,play important rolesinvariousphysiologicalprocesses,includingplantgrowthanddevelopment,abioticandbioticstressresponses andplanthormonesignalling. Theannotationinformationofthepeargenomewasanalyzedusingbioinformaticstoolstoidenti- fy the sequence information of CDPK family members. The 收稿日期:2014-10-13 MEGA 6.0 software was used for multiple sequence 基金项目:江苏省农业科技自主创新基金项目[CX(14)5018];国家 alignment,classification,and construction of