固有无序蛋白与其它成份相互作用数据库构建-微生物学专业论文.docxVIP

山东师范大学硕士学位论文 山东师范大学硕士学位论文 万方数据 万方数据 HYPERLINK \l _bookmark0 4.1.1 固有无序蛋白作用位点数据统计 21 HYPERLINK \l _bookmark1 4.1.2 固有无序蛋白无序区二级结构数据统计 22 HYPERLINK \l _bookmark2 4.2 固有无序蛋白相互作用位点氨基酸使用偏好分析 22 HYPERLINK \l _bookmark3 4.2.1 有序区和无序区相互作用位点序列复杂度分析 22 HYPERLINK \l _bookmark4 4.2.2 有序区和无序区相互作用位点氨基酸使用偏好分析 23 HYPERLINK \l _bookmark5 4.3 无序区二级结构特征分析 27 HYPERLINK \l _bookmark6 4.4 结论 34 HYPERLINK \l _bookmark7 第五章 总结与展望 36 HYPERLINK \l _bookmark8 参考文献 38 HYPERLINK \l _bookmark9 攻读硕士学位期间发表的学术论文 43 HYPERLINK \l _bookmark10 致谢 44 山东师范大学硕士学位论文 山东师范大学硕士学位论文 万方数据 万方数据 固有无序蛋白与其它成份相互作用数据库构建 摘要 固有无序蛋白是一类具有柔性结构的蛋白质，天然状态下没有稳定空间结 构，在生物体内广泛存在，参与信号调控等多种重要的生命进程，与人类的多种 重大疾病相关，已成为目前生命科学的研究热点。固有无序蛋白行使生物功能的 重要方式之一是结合不同成份形成空间结构。由于实验研究难度大，目前还没有 专门针对固有无序蛋白与其它成份的相互作用位点信息的数据库。因此本课题首 先基于 Disprot、Uniprot 和 PDB 数据库，收集了固有无序蛋白与其它成份的相互 作用位点信息，构建了首个固有无序蛋白结合位点数据库。在此基础上，进一步 结合 DSSP 数据库，融合了固有无序蛋白与其它成份相互作用后无序区形成的二 级结构信息。该数据库网址是 HYPERLINK /bssdidps/index.php http ://b iop hy.d zu.ed u.c n/bssd idps/inde x.p hp，可供用 户免费使用。数据库当前版本包含 226 条固有无序蛋白、465 个有序区、428 个 无序区和 3572 个结合位点。此外，还包含 98 条固有无序蛋白的无序区二级结构 信息，无序区中具有二级结构的氨基酸个数为 3590。 为了揭示固有无序蛋白与其它成份相互作用位点分子特征，本文利用三种数 学模型分别对有序区和无序区结合位点氨基酸偏好性进行了深入分析，结果表明 整体上有序区与无序区的结合残基氨基酸使用偏好性不同。其中有序区结合残基 偏好使用 Y、W、F、H、N、M，大部分为侧链体积较大的氨基酸；无序区结合 残基偏好使用 R、K 这类碱性氨基酸。对于不同结合类型的固有无序蛋白来说， 结合位点氨基酸使用偏好也有不同程度差别。与 DNA 相互作用的有序区结合残 基偏好使用 W、K、N、F、T、Y，无序区结合残基偏好使用 R、H、C、S、Y； 与 RNA 相互作用的有序区结合残基偏好使用 R、Y、M、I、N、C，无序区结合 残基偏好使用 K、H、S、F、G、T；与蛋白质相互作用的有序区结合残基偏好 使用 Y、R、H、F、M、N，无序区结合残基偏好使用 W、D、Q、I。因此有序 区与无序区结合残基的氨基酸使用偏好不同。但有序区之间结合残基偏好的氨基 酸相似，都偏好带正电荷的以及侧链较长的极性氨基酸。而在无序区结合残基方 面，与蛋白质相互作用偏好的结合残基在极性、侧链体积以及溶剂可及性表面积 上较与核酸相互作用偏好的结合残基大，而且与 DNA 相互作用的无序区结合残 基相比与 RNA 相互作用的无序区结合残基，前者更偏好侧链较长、极性大的氨 I 基酸。同时，本文对无序区结合其它成份后形成的二级结构进行了分析，结果表 明结合后并不是所有的无序区都会转变成有序的结构，有部分无序区还是保持无 序结构。此外，固有无序蛋白无序区二级结构主要以 α-螺旋和环或无规则的卷曲 为主，并且无序区二级结构偏好带电荷的氨基酸，不偏好具有环状结构的氨基酸。 除此之外，本文还发现 20 种氨基酸对形成的二级结构类型的偏好并不同。因此， 本课题的研究为固有无序蛋白的相互作用研究提供了可靠的数据平台，对基于固 有无序蛋白的药物研究也具有重要的促进作用。 关键词：固有无序蛋白，结合位点, 氨基酸偏好性, 二级结构 II Database for Binding Sites of Intrinsically D