计算机模拟整合X射线小角散射实验数据研究蛋白质的溶液构象-生物化学与分子生物学专业论文.docxVIP

研究生优秀毕业论文 万方数据 万方数据 中国科学技术大学学位论文原创性声明本人声明所呈交的学位论文，是本人在导师指导下进行研究工作所取得的成 中国科学技术大学学位论文原创性声明 本人声明所呈交的学位论文，是本人在导师指导下进行研究工作所取得的成 果。除己特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含任何他人已经发表或撰写 过的研究成果。与我一同工作的同志对本研究所做的贡献均己在论文中作了明 确的说明。 作者签名：氇邋 签字日期：塑』皇：墨墨 中国科学技术大学学位论文授权使用声明 作为申请学位的条件之一，学位论文著作权拥有者授权中国科学技术大学 拥有学位论文的部分使用权，即：学校有权按有关规定向国家有关部门或机构送 交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅，可以将学位论文编入《中国 学位论文全文数据库》等有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复 制手段保存、汇编学位论文。本人提交的电子文档的内容和纸质论文的内容相一 致。 保密的学位论文在解密后也遵守此规定。 作者签名：丝4盛 导师签名：磁当獬 d公开 口保密( 年) 签字日期： 臼睡。6。3 签字日期： 勘／f。b一妒 万方数据 万方数据 摘要摘要 摘要 摘要 解析包含柔性无序区域的生物大分子的结构信息在结构生物学中一直是一 个极具挑战性的问题。通常多结构域蛋白结构域间的柔性对其行使生物学功能至 关重要。对溶液中的柔性的多结构域蛋白，由于其处于包含多种不同结构域取向 的构象平衡之中，因此用一个结构系综来描述它是比较恰当的。而用单一的高分 辨率的实验技术，如x射线晶体衍射或核磁共振技术，对多结构域蛋白的系综 进行解析通常要比对单个结构域的解析要困难得多。X射线小角散射是一种高效 的技术，它能得到柔性蛋白或大分子复合物的大小和形状等信息。 最近，“整合结构生物学”(integrative structural biology)的概念被提出。它 可以结合互补的高分辨率、低分辨率结构数据并以易整合的计算方法作桥梁，以 得到蛋白的结构并描述其柔性。而计算机模拟技术，如全原子模拟、刚体建模、 粗粒化模拟等是研究生物大分子非常有效的方法，其在整合不同分辨率的结构数 据中扮演着越来越重要的角色。 在本工作中，我们尝试用整合高分辨率的核磁共振解析的原子结构和低分辨 率的X射线小角散射数据、原子水平的分子动力学模拟，以得到多结构域蛋白 在溶液状态下的结构系综。我们研究了FBP21中由柔性linker连接的两个串联 WW结构域，对该蛋白进行了微秒级别的分子动力学模拟以对其进行充分的采 样，随后从轨迹中选出其中的代表构象，以更好地与实验的小角数据相吻合。根 据这些结构系综，蛋白的两个结构域既能以紧凑的构象存在，也可以有伸展的构 象。我们进一步分析了该现象的分子机理。 我们还用整合低分辨率的X射线小角散射数据和高分辨率的晶体结构数据， 建模方法以及分子动力学模拟和粗粒化模拟研究结合Vinculin小肽的CAP． SH3ab的复合物在溶液中的结构系综。分析结果显示粗粒化模拟要比全原子模拟 采样更加充分，而对溶液中的CAP．SH3ab：virtu57复合物，用一个结构系综要比用 单一构象对其进行描述更为恰当。 关键词：蛋白质结构多结构域蛋白蛋白质柔性分子动力学模拟粗粒化模拟 X射线小角散射整合的建模方法 II ABSTRACTABSTRACT ABSTRACT ABSTRACT S仃ucnlre elucidation of large biomolecules comprised flexible unst门lctllred regions has always been a challenging problem in stmctl】ral biology．Flexibility between domains within a multi-domain protein is often critical for its biological function．A flexible multi—domain protein in solution should be represented by all ensemble of st】mctl】res since it is often in equilibrium among multiple conformations 、^，ith different domain orientations．Employed any high-resolution experimental technique，such aS X—ray crystallography and nuclear magnetic resonance，determining st