生物基因组序列比对分析解析解析文档资料.pptVIP

注意事项 尽可能避免DNA的断裂 1. 匀浆时应保持低温，且匀浆时间应短； 2. 实验中使用的吸取DNA水溶液的滴管口应粗短并成钝口。 保持DNA活性，避免酸碱或其他变性因素使DNA变性。 搅动不要太大，以免使DNA断裂。 整个实验过程应在低温条件下进行。 搅拌时动作要轻，反复倒置抽提，不可激烈振荡。 加入15% SDS时要慢，边搅边滴加（两人配合）。 SDS的温度不能太低，易凝固。吸过SDS的吸管要及时清洗。 加入CHCl3/IAA液离心后，分为三层，由上到下为：无机相-蛋白相-有机相。DNA溶解在无机相中，吸取无机相时动作要轻，不要吸到蛋白相。 CHCl3/IAA会溶解有机玻璃，用完后不能竖直放置在试管架上，必须冲洗干净。 离心机的使用 打开电源开关； 平衡放置离心管；盖上盖子。 调节时间旋钮至10min； 缓慢调节速度旋钮至9档，每5-10s上升1档； 离心完毕后机器自动停止，待完全停止后，打开盖子取出离心管。 离心管必须平衡后，才能启动离心机； 离心机的盖子必须盖紧； 离心过程中不要用重物撞击离心机； 要等离心机完全停止转动后再打开盖子。 二苯胺显色法测定DNA含量 DNA的α-脱氧核糖在酸性条件下转变成ω-羟基-r酮基戊醛，与二苯胺共热后形成蓝色化合物，该化合物在595nm处最大吸收。 每ml含20－400μg范围内光密度与DNA的浓度成正比。反应液中加入少量乙醛，可提高反应的灵敏度。 取8支试管，按实验指导的表格加入试剂。 加毕置沸水浴10分钟，取出冷却；以0号管（空白管）调零点，于595nm波长比色。 以光密度为纵坐标，DNA含量（μg/ml）为横坐标，绘制标准曲线. 将实验中所得到的兔肝DNA溶液作为待测样品，取两只试管，分别标“U”和“B”，按表加入试剂。 混匀，置沸水中10min, 取出冷却。 在595nm处，以B管调零，测得待测液的光密度值，从标准曲线上查出相当于该光密度值DNA的含量。 核酸在220-320nm处呈特征性吸收，在260nm处有最大吸收，测A260/A280可得知核酸的大致纯度。 A260/A280 ≈1.8 表示DNA纯 1.8 RNA含量高 1.8 蛋白含量高 双波长分光光度计，该种机采用两个光源，可在可见光和紫外区对物质进行分析，钨丝灯发出光的适宜范围在360－1000nm，氘灯发出光的适宜范围在150－400nm。 通过两种光源的切换，可以在两种波长范围内使用。 使用石英杯作为比色杯。 岛津UV-120使用方法 打开电源，指示灯亮，调至UV，打开样品室盖 打开氘灯（向下按至Heat几秒后扳至ON） 预热10min 调节波长、灵敏度 旋扭调至“0-100%T”，放入空白管与样品，调0% T 盖上盖子，旋扭调至“ABS 0-2”，调0% A 拉出样品，读数。开盖，记录。 以0.01N NaOH 为空白管，在260nm和280nm波长处测定样品液的吸光度，求出样品液的A260/A280比值和DNA浓度。 * 生物基因组序列比对分析，分子进化 兔肝DNA的提取与二苯胺显色法测定DNA含量 目的基因SNP位点的鉴定及其意义 综合性设计性实验-1 此实验共包括如下三个部分 第一部分：生物基因组序列比对分析，分子进化 第二部分：兔肝DNA的提取和测定 第三部分：目的基因SNP位点的鉴定及其意义 第一部分：生物基因组序列比对分析、分子进化 全基因组序列数据的积累,使得不同生物之间的进化关系可以从分子水平上进行研究。不同于以往单纯依赖于生物形态学特征,这种分析更加深刻更加本质。利用分子序列使得我们可以研究,从单细胞生物到植物、动物甚至人的进化关系。 比较基因组学(Comparative Genomics)是基于基因组图谱和测序基础上，对已知的基因和基因组结构进行比较，来了解基因的功能、表达机理和物种进化的学科。利用模式生物基因组与人类基因组之间编码顺序上和结构上的同源性，克隆人类疾病基因，揭示基因功能和疾病分子机制，阐明物种进化关系，及基因组的内在结构。目前从模式生物基因组研究中得出一些规律：模式生物基因组一般比较小，但编码基因的比例较高，重复顺序和非编码顺序较少；其GC%比较高；内含子和外显子的结构组织比较保守，剪切位点在多种生物中一致。 比较作图就是利用共同的遗传标记（主要是分子标记、基因的cDNA克隆以及基因组克隆）对相关物种进行物理或遗传作图，比较这些标记在不同物种基因组中的分布情况，提示染色体或染色体片段上的同线性（synteny）或共线性（collinearity），从而对不同物种的基因组结构及基因组进化历