基因调控网络分析和重建-计算机应用专业论文.docxVIP

fij,i fij,i I：论史 J,t；lx}酬拄M绵分析靡l囊娅 摘 要 随着多丛因组测序计划的完成，现在科学家们的研究重点逐渐转向了对这些基 因和它们的网络相互关系的功能胖解。近几年发展起来的微阵列技术为我们进行大 规模的基因实验提供了基础。采用这种技术，就可能找到基因在不同状态下的表达 水平。而基因网络重建也就是在这个数据基础上找出基因之问的相互依赖关系。另 外，为了从分子水平上理解生物体功能，我们需要知道生物体中有哪些基因被表达、 在I哪里被表达、什么fi．=j镞表达，以及表达的程度如何等。基因表达的调控是通过基 因调控系统实现的，而陔系统的结构又由DNA、RNA、蛋白质及小分子之间的关 系网络决定。因为我们苍兴趣的大多基因嘲控网络都含有多个成分，而这些成分是 山m的或负的反馈叫路连接组合而成的，所以}瞳濉从直脱上理解它们的行为。因此， 采用『F规方法和计算机工具来模拟和推测基因调控网络是必不可少的。 本文回顾了已在计算机生物学以及生物学中采用的用于描述基因调控系统的 方法，如有向图、线性组台模型、加权矩阵模型、布尔网络以及甄信息关l妖网络模 型等。本文重点考察了用遗传算法搜索网络空问6,sDrl权矩阵棋型，采用遗传算法搜 索机制从实验数掘进行旗因转录洲控网络重建。该研究证明了，遗传算法有一定说 服力，因为这种方法能推测出与实验数据十分吻合的基因刚络。另外，本文将粒予 群优化算法(PSO)用于基因凋控网络fr：qDil权矩阵这一一模型的重建，并将所取得的 实验结果与遗传算法所取得的结果进行了比较，j；j{『者的平均适应度婴i略优于后者。 但是由于目前生物信息学，尤其是基因调控网络分析和重建这个研究领域的很多方 面尚不成熟，所以从当前获得的实验数据不可能对我们所推测出的网络的生物学准 确性进行评价。蛾好的评价方法就是广。生一一系7i JJl：i]‘禾}的刚络．然后交给生物学家刚 实验证明。但是科学技术的发展是十分快速的，相信在不久的将来，我illl,lt建立很 好的评价网络的方法。 关键词：基因调控网络、重建、基因、转录调控、生物信息学、遗传算法、粒子群 优化算法 {{!；lI：论文 {{!；lI：论文 t,‘lxl鸿扮刚绵分目i和巫址 Abstract the completion of the multiple genome projects，the study emphasis of scientists is changing functional understanding of genes and network interactions．Microarray technology provides bases for of large—scale experimentation．Using technology it find diflbrent network reconstruction just inter—dependent between genes．In addition，in order understand the functions organisms the molecular level，we need know which genes expressed，when and organism，and which forth． The regulation gene expression is achieved through genetic regulatory systems，which structured by networks of ifiteractions between DNA，RNA，proteins，and small molecules．As most genetic regulatory networks of interest involve comaected through interlocking positive and negative tIeedback loops，so its hard understand the behavior oftheir dynamics．So the formal methods and computer tools for modeling and simulation of networks is indispensable． formalisms employed mathematical and bioinformatics systems，such directed u