驾驭式虚拟心脏仿真系统的设计与实现-计算机技术专业论文.docxVIP

Classified Index: TP391.9 U.D.C: 621.3 Dissertation for the Master Degree in Engineering THE SYSTEM OF VIRTUAL HEART BASED ON COMPUTATIONAL STEERING Candidate： Xie Songjun Supervisor： Prof. Wang Kuanquan Academic Degree Applied for： Master of Engineering Speciality： Computer Science and Technology Affiliation： School of Computer Science and Technology Date of Defence： June, 2015 Degree-Conferring-Institution： Harbin Institute of Technology 哈尔滨工业大学工学硕士学位论文 哈尔滨工业大学工学硕士学位论文 哈尔滨工业大学工学硕士学位论文 哈尔滨工业大学工学硕士学位论文 - - I - - - II - 摘 要 心脏疾病是威胁 人类健康的 一大杀手， 借助计算机 仿真可以对 心脏 的工作 原理、致病机制 和药物影响 进行定量和 定性的研究 。但是，进行虚 拟心脏仿真 的效率问题一直困扰着相 关研究人员。 一方面，进行仿 真实验时经 常需要在实 验进行过程 中修改参数 ，试 验相关 参数对实验的影 响。每次修 改参数，都 需要重新开 始仿真实验 ，修 改参数之前 的仿真计算存在 浪费时间的 问题，造成 了实验效率 的低下。本文提出借助驾驭 式计算技术来解决这一问 题。 另一方面，在进行组织模 型仿真时计算量 非常巨大，使用基于 CPU 的算法 只能借助服务器 集群技术才能使得虚拟 心脏仿真成 为可能，但 是服 务器集群硬 件成本过高，本文讨论了 基于 GPU 的并行算法来解决仿真 计算的效 率问题，使 得在个人计算机上进行虚 拟心脏仿真成为 可能。 系统采用客户端/服务器模式，客 户端采用 QT 图形界面技术和 VTK 数据绘 制技术作为基础构件 ，使用 Python 语言编写。驾驭式控制 逻辑使用 有穷状态自 动机描述。定义了一种基于 TCP 协议的通信方法在客户端 与服务端 之间进行通 信。 服务端使用 CUDA（Compute Unified Device Architecture ）技术实现了 一种虚拟心脏仿真 的 GPU 并行计算算法，以及在多 GPU 系统上扩展 的算法。采 用动态链接库技术并结合 Lua 语言实现了一种细胞模型无 关的仿真 计算框架， 使得系统可以方便的扩展 新的细胞模型。 本文通过从纵向对比 了 CPU 仿真算法与 GPU 并行仿真算法的速度 ，表明 GPU 并行算法在数据量较大时 具有非常明显的 优势。从横向对比 了单 GPU 与多 GPU 算法的速度，结果表明在 组织模型中有多 种细胞时，多 GPU 算法可以获得更好 的性能，当组织模型中只 有一种细胞时，多 GPU 算法与单 GPU 算法性能相同。 虚拟心脏仿真为 人们研究心 脏工作机制 、心脏致病 机理提供了 一种 有效的 研究方法，本文将驾驭式 计算方法与虚拟 心脏仿真结合，同时使用 GPU 并行计 算算法，能够有 效地提高仿 真实验的效 率，为相关 研究人员提 供了 一个有力的 研究平台。 关键词: 虚拟心脏；驾驭式；GPU；CUDA；仿真 Abstract Heart disease is a major threat to human health killer, can be studied by means of computer simulation in the heart of quantitative and qualitative works, pathogen- esis and drug influence. But the virtual heart simulation efficiency has been plagued by research staff. On the one hand, often you need to modify the parameters affect the test param- eters of the experiment during the course of