梅花鹿线粒体基因组全序列测定及种群遗传结构分析-特种经济动物饲养专业毕业论文.docxVIP

学 号： 092300031 文 摘： 鹿产品是珍贵的中药材。目前市场上存在着严重的以假充真，以次充好的现 象，有些伪产品仿真程度很高，从而导致鹿产品的检测工作越来越重要，而且越 来越棘手。由于鹿产品的珍稀，鹿开始被人类大量饲养，中国是养鹿最早的国家， 东北梅花鹿是我国饲养梅花鹿的主要亚种，梅花鹿个体养殖场很少有长期的遗传 规划，使得梅花鹿遗传状况受到威胁。本文研究了梅花鹿在核苷酸水平上的遗传 多样性，并初步探讨了梅花鹿的遗传结构和 DNA 条形码在梅花鹿上的可行性， 为鹿产品的检测和梅花鹿的保种及育种提供了理论依据。 本研究利用克隆测序方法和 PCR 产物直接测序方法对敖东梅花鹿、东丰梅 花鹿、四平梅花鹿和兴凯湖梅花鹿 12 个个体的线粒体基因组全长进行测序并进 行序列分析和系统进化分析。根据梅花鹿线粒体 cytb 基因序列设计引物，测定 这四个品种的 194 只梅花鹿的 1032bp 序列，对梅花鹿的种群遗传特质及种群结 构进行了初步探讨。基于梅花鹿 COⅠ基因和 COⅡ基因序列设计引物，并测定 敖东梅花鹿、东丰梅花鹿和四平梅花鹿品种的 180 只梅花鹿的 COⅠ基因和 CO Ⅱ基因序列，探讨 DNA 条形码在梅花鹿上的可行性。 敖东梅花鹿、东丰梅花鹿、四平梅花鹿和兴凯湖梅花鹿线粒体基因组全长均 为 16435bp，包括 22 个 tRNA 基因、13 个蛋白质编码基因、2 个 rRNA 基因（12S rRNA 和 16S rRNA）和 2 个非编码区（WANCY 区和 D-loop 区），与 GENBANK 中其他鹿科动物线粒体基因组序列同源性高。利用 MEGA 软件和 DanSP 软件对 12 个梅花鹿个体线粒体全长序列进行分析结果显示兴凯湖梅花鹿变异位点最 多、具有较高的核苷酸多样性、与其他梅花鹿间的核苷酸距离较大。兴凯湖梅花 鹿与东丰梅花鹿的核苷酸距离整体最大、核苷酸间的歧异度最大。梅花鹿的系统 进化关系为：中国梅花鹿和日本梅花鹿自成单系，日本梅花鹿支分为日本南部梅 花鹿支与日本北部梅花鹿支。中国梅花鹿与日本南部梅花鹿的亲缘关系较近。兴 凯湖梅花鹿自成一单系。兴凯湖梅花鹿和东丰梅花鹿的亲缘关系较远。 194 只梅花鹿 cytb 基因的 1032bp 序列，共发现 23 个变异位点，8 个单倍型， 其中兴凯湖梅花鹿、敖东梅花鹿、东丰梅花鹿和四平梅花鹿和的单倍型数分别为 7、6、4 和 2，单倍型 n7 和 n8 为兴凯湖独有，单倍型 n6 是东丰梅花鹿独有，单 倍型 n2 为四个品种共享。在四个品种中，单倍型多样性范围为 0.531~0.789，平 均值为 0.6599。种群内核苷酸多样性范围为 0.0054~0.01127，平均值为 0.010171。 东丰梅花鹿的核苷酸多样性和单倍型多样性最高，其次为兴凯湖梅花鹿，四平梅 花鹿最低。通过最大似然法和邻接法的系统发生与最小跨度网络图表明，单倍型 n1 及 n7 与 n2~n6 之间具有较远的亲缘关系，并发生了显著的遗传进化。单倍型 n1 和 n7 是最原始的单倍型，其他单倍型是由这两个单倍型进化而来的。同时还 表明这四个梅花鹿品种在进化的过程中，出现过一次中间过渡类型的单倍型。 COⅠ基因和 COⅡ基因序列分析表明敖东梅花鹿单倍型数量最多，核苷酸多 态性也最高，遗传多样性要高于东丰梅花鹿和四平梅花鹿。敖东梅花鹿品种有特 异突变位点，四平梅花鹿和东丰梅花鹿则没有特异突变位点。系统进化树均显示 三个品种都有交叉，并且从遗传距离的分析也能看出，三者之间的差别非常小， 近乎一个品种。COⅠ基因和 COⅡ基因能不能做为梅花鹿品种鉴定的条形码还需 要进一步的研究来证实 关键词：梅花鹿；mtDNA；cytb；遗传多样性；系统进化；种群结构 Abstract：Deer products are valuable traditional Chinese medicine. In the market, the phenomenon of mixing the false with the genuine is ubiquitous. The fake products which made of the other cervids or other families of animals are indiscernible. Because the deer products are precious, the deer began to be breed. Chinese is the earlist country in deer breeding. The Cervus nippon hortulorum is the main breed. The individual d