利用人类全基因组拷贝数变异和SNP多态性揭示骨质疏松和肥胖症的遗传致病机理-生物化学与分子生物学专业论文.docx

Genome-Wide Copy Number Variations and SNPs Association Study on Osteoporosis and Obesity A dissertation submitted to Xi’an Jiaotong University in partial fulfillment of the requirements for the degree of Doctor of Science By Tielin Yang (Biochemistry and Molecular Biology) Supervisor: Prof. Hong-Wen Deng September 2009 摘 要 论文题目：利用人类全基因组拷贝数变异和 SNP 多态性揭示骨质疏松和肥胖症的遗传 致病机理 学科专业：生物化学与分子生物学 申请人 ：杨铁林 指导教师：邓红文教授 摘 要① DNA 拷贝数变异（CNV）是近年来被证实的一种常见基因组结构变异，片段从 1kb 到几 Mb 不等。CNV 比 SNP 包含更多的核苷含量，说明其在遗传多态性和进化上可能 具有重要作用。研究表明，CNV 可以独立于 SNP 之外，解释近 20%的基因表达差异， 进一步证明了 CNV 的价值。目前复杂疾病的 CNV 研究方法还不成熟，正处于探索性 阶段，故 CNV 分析是复杂疾病研究的前沿方法。而全基因组 SNP 关联研究则是当前 对复杂疾病遗传研究使用的热点方法。 骨质疏松症和肥胖症都是高遗传率的常见疾病，已经成为主要的公共健康问题。 由于遗传因素对这两种病均有很重要的影响，所以多年来为了寻找与骨质疏松症和肥 胖症相关的 DNA 序列变异，遗传学家付出了巨大的艰辛和努力。然而由于复杂疾病的 影响因素众多，以及以前研究方法和技术的束缚，使得对这两种病的遗传分析至今没 有获得令人满意的结果，留下大部分未知遗传因素等待今后的遗传工作者去挖掘。 在本文中，首先，笔者采用 Affymetrix 公司的 500K 基因芯片，首次对骨质疏松性 髋部骨折进行全基因组拷贝数变异分析。实验采用病例-对照设计，样本是 700 个中国 汉族老年人，其中 350 人是具有髋部骨折史的病人，350 人是健康的、年龄匹配的对照 样本。在全基因组拷贝数变异作图结果的基础上，我们进行了关联分析来寻找骨折易 感性的拷贝数变异。对于那些与骨折显著相关的拷贝数变异，我们利用 PCR、电泳以 及实时定量 PCR 的方法进一步证实 CNV 存在的真实性，以及将拷贝数变异精确定位 到某个或某些特定基因上。我们检测出 UGT2B17 基因的拷贝数变异与骨折风险相关， 并且这个关联结果在另一个独立的中国人群（399 个病例和 400 个对照）中得到了证实。 随后，我们在另外两个独立的随机样本中，检测到 UGT2B17 基因拷贝数变异与髋部骨 密度（BMD）以及股骨颈的几何形状也具有显著的相关性，其中一个是包括 689 个中 国人的随机样本，另一个是包括 1,000 个白人的随机样本。结果一致性地说明了 UGT2B17 基因的拷贝数变异在骨质疏松症的发病机理上具有很大的重要性。最后，鉴 于 UGT2B17 基因编码的酶（尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶家族 2 多肽 B17）在激素代 ①本研究得到国家自然科学基金面上项目资助，以及美国国立卫生研究院（NIH）R01 AR050496、R21 AG027110，R01 AG026564，P50 AR055081，和 R21 AA015973 项目资助。 I 西安交通大学博士学位论文 西安交通大学博士学位论文 谢过程中起着非常关键的作用，我们选取了 236 个年龄在 22-28 岁的青年男性来检测 UGT2B17 基因的拷贝数多少和血清性激素水平是否相关，结果发现 UGT2B17 基因缺 失组比 UGT2B17 基因存在组具有更高的血清睾酮和雌二醇水平。证实了 UGT2B17 基 因拷贝数变化会影响性激素的代谢。 接下来，在对骨质疏松症的拷贝数分析成功的基础上，笔者首次对美国白人的肥 胖症进行全基因组拷贝数变异分析。样本是含 2,286 个美国白人的随机人群。分型采用 Affymetrix 公司最先进的芯片技术 Genome-Wide Human SNP Array 6.0 芯片。结果发现 位于染色体 10q24.3 位置的 CNP1670 和 CNP1669 与肥胖症显著相关，随着这两个 CNV 的拷贝数增多，肥胖症的风险将会增加。这两个 CNV 和肥胖的相关性在另外两个白人 样本中得到了验证，然而在中国人群中没有发现显著相关性，说明这两个 CNV 可能存 在种族差异性。CNP1670 包含了一个重要