鲤鳞被相关微卫星标记的筛选及其在连锁图谱上的定位-生物化学与分子生物学专业论文.docxVIP

摘要 摘要 摘要 鲤（Cyprinus carpio L.）是世界主要水产养殖种之一。近几年，为解决鲤分子育种技 术难题，做了大量的研究，包括筛选性状相关标记、图谱的构建以及性状 QTL 定位等，其 研究的性状涵盖了生长、抗逆、理化等性状，而对鳞被性状相关标记的筛选与定位还未见 报道。鳞被是重要的选育目标，其表型多样性为鲤遗传基础及分子育种的研究提供了丰富 的材料。筛选并定位与鳞被相关的标记或基因对鲤分子育种技术的开展具有重要意义，且 对鳞被覆盖分子机制的阐明具有一定的参考价值。 本研究以黑龙江野鲤与松浦镜鲤 F296 个个体为实验材料，选用 415 个微卫星标记筛选 鳞被相关标记，并于 2 个家系中进行验证。此外，构建了遗传连锁图谱，用于定位鳞被相 关标记，并与斑马鱼基因组比对。最后，分析了基于鳞被相关基因的微卫星标记与 4 种生 长性状的相关性。主要结果如下： （1）相关性分析结果表明：在家系 1 中 7 个微卫星标记（HLJ2509，HLJ3227，HLJ3675， HLJ3766，HLJ3863，FGFR1，FGFR7）与鳞被呈极显著相关（P0.01），在家系 2 和家系 3 的验证实验中，除标记 HLJ3227 在家系 3 中为显著相关外(P=0.012)，其它均为极显著相 关，这充分验证了 7 个标记的可靠性。在 3 个家系中，共发现有 22 个基因型为全鳞型个 体所特有，2 个基因型为鳞被缺失型个体所特有，存在显著差异，我们推测可能是由于全 鳞为显性性状，散鳞为隐形性状所致。其中，2 个基因型（FGFR1 的基因型 BB、FGFR7 的基因型 AB）在 3 个群体中均为全鳞型个体所特有的，而其他所发现的鳞被性状特有基 因型只在其中的 2 个或 1 个群体中所特有，这可能是由于微卫星突变率高，不同家系其多 态性不同所致。 （2）本研究构建的遗传连锁图谱由 48 个连锁群构成，包含 241 个微卫星标记，与鳞 被极显著相关的 7 个微卫星标记全都定位在 LG3 上，因此，我们推测影响鳞被性状的基因 可能成簇存在，且位于 LG3 上。其中 FGFR1 和 FGFR7 为依据基因 fgfr1a 序列设计而来， 因此我们推测鲤 fgfr1a 基因应位于 LG3 上。 与斑马鱼基因组的比对结果发现有 6 个标记存在其基因组对应区域，其中 5 个位于斑 马鱼 8 号染色体上。查看对应区域及其上下游区域的基因，6 个基因（atoh1a，ptch1，bmp1a， fgfr1a，fgf17，wnt5a）引起了我们的兴趣。结合本研究结果和前人的研究，这 6 个基因可 能与鳞被的形成有关，可作为候选基因，用于鳞被分子机制的进一步研究。 （3）为了解鳞被与生长性状的相关性，本研究以家系 2 为研究材料，使用鳞被相关 基因 ant、eda、edar、fgfr 在鲤基因组中的同源序列及上、下游序列中的 155 个微卫星标 记，筛选与体质量（BW）、体长（BL）、体高（BH）、体厚（BT）4 项生长性状相关的分 子标记，并分析了群体遗传多样性。结果表明：36 个微卫星标记表现为多态，各标记的等 位基因数在 2~4 个之间浮动，共检测到 86 个等位基因，平均每个标记 2.3889 个；平均有 效等位基因数为 2.2094；平均观测杂合度为 0.6245；平均期望杂合度为 0.5292；平均多态 I 鲤鳞被相关微卫星标记的筛选及其在连锁图谱上的定位 鲤鳞被相关微卫星标记的筛选及其在连锁图谱上的定位 信息含量为 0.4321，其中 23 个微卫星标记表现为中度多态（0.25≤PIC0.5），13 个微卫星 标记表现为高度多态（PIC≥0.5），说明这个家系属于中度多态性水平。Hardy-Weinberg 平 衡检验结果显示 69%标记显著偏离平衡，人工选择压力和自交对家系造成了严重的影响。 SPSS17.0 分析发现分别有 10（27.8%）、7（19.4%）、7（19.4%）和 11 个（30.6%）标记与 体质量、体长、体高和体厚存在显著相关性，并发现 11 个优势基因型。源于鳞被相关基因 的微卫星标记与生长性状连锁的比例显著高于随机筛选获得的比例，以上结果从分子水平 上提示鳞被基因与所研究 4 种生长性状可能具有相关性。 关键词：鲤；鳞被；生长性状；相关性分析；遗传图谱 II Ab Abstract PAGE PAGE IV Abstract Common carp (Cyprinus carpio L.) is one of the major aquaculture species in the world. In recent years, large number of researched have been conduct