核酸_蛋白序列新新比对分析解析_百替生物.pdf

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核酸_蛋白序列新新比对分析解析_百替生物

核酸\\蛋白序列比对分析\\ 生物技术 02级 021402198 曾彪 —— —— 摘要 生物信息学————是一门新兴的交叉学科,是采用计算机技术和信息论方法研 究蛋白质及核酸序列等各种生物信息的采集、存储、传递、检索、分析和解读的科学, 是现代生命科学与计算机科学、数学、统计学、物理学和化学等学科相互渗透而形成的 交叉学科。核酸与蛋白质序列分析是生物信息学的基本研究方法。核酸与蛋白质序列分 析是生物信息学的基本研究方法。 关键词 核酸//蛋白质序列分析// 生物信息数据与查询 序列 DNA DNA 比较 DDNNAA芯片 质谱 隐马尔可夫模型 正文 人类基因组计划完成了人类基因组的测序与分析工作,也积累了 大量的核酸和蛋白质序列数据,从而导致了分子数据库的建立。分子生物学 家在此基础上依靠计算机进行核酸和蛋白质序列分析。 大量生物学实验的数据积累,形成了当前数以百计的生物信息数据库。 它们各自按一定的目标收集和整理生物学实验数据,并提供相关的数据查询、 数据处理。这些生物信息数据库可以分为一级数据库和二级数据库。一级数 据库的数据都直接来源于实验获得的原始数据,只经过简单的归类整理和注 释;二级数据库是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目 标衍生而来,是对生物学知识和信息的进一步整理。国际上著名的一级核酸 数据库有Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ库等;蛋白质序列数据库 有SWISS-PROT、PIR等;蛋白质结构库有PDB等。国际上二级生物学数据 库非常多,它们因针对不同的研究内容和需要而各具特色,如人类基因组图 service@100 service@100 wwwwww..110000bbiiootteecchh..ccoomm sseerrvviiccee@@110000bbiiootteecchh..ccoomm 谱库GDB、转录因子和结合位点库TRANSFAC、蛋白质结构家族分类库 SCOP等等。 要在如此庞大的数据库中找到所需要的目标序列,必须建立数据库查询 系统。数据库查询(也称为数据库检索)是指对序列、结构以及各种二次数 据库中的注释信息进行关键词匹配查找。常用的数据库查询系统有Entrez, SRS等。数据库搜索是指通过特定的序列相似性比对算法,找出核酸或蛋白 质序列数据库中与检测序列具有一定程度相似性的序列。常用的数据库搜索 系统有BLAST 、FASTA和BLITZ 。 面对大批由测序仪产生的序列数据,通过序列分析,人们能够了解这 些序列的生物学信息和意义。线性核酸序列的分析主要包括同源比较,读框 分析,酶切位点查找,GC比例分析,序列翻译,引物设计等;蛋白质序列 分析包括同源比较,疏水性分析,序列模体识别,结构域识别,高级结构预 测等。 核酸序列分析 核酸序列分析 核核酸酸序序列列分分析析 核酸序列的基本分析 核酸序列的基本分析 核核酸酸序序列列的的基基本本分分析析 1.测定分子质量、碱基组成、碱基分布等基本数值; 2.序列变换:反向序列、互补序列、互补反向序列; 3.限制性酶切分析:限制酶的所有信息,包括甲基化酶、相应的微生物来 源、识别序列位点、裂解位点、甲基化特异性、酶的商业来源以及参考文 献。 4.克隆测序的分析:测序峰图的查看、核酸序列中载体的识别和去除、其 service@100 service@100 wwwwww..110000bbiiootteecchh..ccoomm sseerrvviiccee@@110000bbiiootteecchh..ccoomm 他人工序列的分析和去除 核酸序列的电子延伸GenBank的UniGene数据库、意大利Tigem的EST Machine、EMBL的EST Cluster Pro

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