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五味子特殊类型白果五味子ITS2序列鉴定探究
[摘要]目的:以ITS2片段作为DNA条形码,在分 子水平上研究白果五味子。方法:结合五味子和华中五味子 样品对白果五味子进行研究,对样品ITS2片段进行双向测 序,CodonCode Aligner拼接序列,利用MEGA 5. 0进行多序 列比对,利用ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构,应 用BLAST 1方法进行鉴定分析。结果:白果五味子样品ITS2 序列长度为231 bp, BLAST 1鉴定白果五味子样品为五味子。 白果五味子和五味子居群间平均K2P ( Kimura-2- parameter)遗传距离(0.002 2)远远小于五味子和华中五 味子的种间平均K2P遗传距离(0. 021 6)o结论:ITS2鉴定 白果五味子属于五味子;ITS2可以用于鉴定和区分五味子和 华中五味子。
[关键词]五味子;ITS2;居群;DNA条形码
[收稿日期]2013-11-15
[基金项目]国家科技基础性工作专项重点项目 (2007FY1106002010);辽宁省教育厅项目(LT2010067)
[通信作者]王冰,教授,博士生导师,主要从事药用 植物种质资源与质量研究,Tel: E-mail: wangbingl616@163. com
[作者简介]李先宽,博士研究生,主要从事药用植物 种质资源与质量研究,Tel:, E-mail : lixiankuanl68@163. com
五味子为木兰科多年生落叶木质藤本植物五味子 Schisandra chinensis (Turcz. )Baill 的干燥成熟果实[1], 是历代药典收载的常用药材。作为一种传统中药,常用于治 疗干咳,哮喘,盗汗,遗精和慢性腹泻等[2-3] o五味子是 辽宁省最重要的道地药材,由于近些年五味子的广泛种植, 其广泛的种源,即种质资源来源不一致是影响五味子质量的 一个重要因素[4]。从2008年开始,本课题组一直追踪观察 辽宁省栽培五味子所结果实为白果的一种特殊类型一一白 果五味子[5],其药材质量的优劣是一个需要认真研究的问 题。ITS2片段具有适合扩增和测序的长度,在物种水平的变 异较快,有更多的突变位点以区分不同的物种,因此,在DNA 条形码鉴定物种方面具有潜在的研究价值。本研究利用核基 因ITS2片段作为DNA条形码[6-10],结合五味子和华中五 味子,在分子水平上对白果五味子基原植物进行研究,探索 白果五味子和五味子的亲缘关系,提供白果五味子DNA分子 水平的鉴定资料,为明确辽宁省道地药材五味子种质资源的 遗传多样性以及合理保护和利用五味子种质资源提供理论 依据。
1材料与方法
1. 1材料供试样品(植物叶片)于2012年6-9月采 集,包括3个栽培居群和3个野生居群,共计53份样品, 包括五味子和华中五味子2个物种。样品经硅胶迅速干燥后, 置于-86 £超低温冰箱保存备用。白果五味子有针对性的取 8个样株,在同一农场内随机取正常的五味子5个样株,其 他样品均为随机取样,样品信息见表lo样品经辽宁中医药 大学药学院王冰教授鉴定为五味子S. chinensis和华中五 味子S. sphenanthera Rehd. et W订s.,凭证标本保存于辽 宁中医药大学药用植物实验室。
1.2仪器和试剂台式冷冻离心机(Fresco)、数显恒温 水浴锅(HH-S型,巩义市予华仪器有限责任公司)、PCR仪 (MG96G型,杭州朗基科学仪器有限公司)、电泳仪(EPS-600 型,上海天能科技有限公司)、凝胶图像处理系统 (Tanon-4100,上海天能科技有限公司)、植物基因组DNA 提取试剂盒(离心柱型,TIANGEN) Taq MasterMix (康为世 纪)、引物(上海Sangon公司)、5kDNA Marker (北京全式 金生物技术有限公司)、琼脂糖、EB (上海Sangon公司), ABI 3730XL测序仪,其余试剂均为分析纯。
1. 3DNA的提取 选取硅胶干燥的植物叶片约20 mg,用 液氮研磨粉碎,使用试剂盒提取总DNA,具体步骤参照植物 基因组DNA提取试剂盒(离心柱型,TIANGEN)的操作。
1.4 PCR扩增及产物测序 扩增ITS2序列正向引物 5 -GCGATACTTGGTGTGAAT-3r , 反 向 引 物 5’ -GACGCTTCTCCAGACTACAAT-37。PCR 反应体积 50 uL, 引物各 1. 0 u L (2. 5 u mol ? L-l) (Sangon Co., 中国), 25 u L Taq MasterMix,总 DNA1 yL(约 20 ng),加 RNase-Free 水补足50 u L。引
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