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生物存储:构建美国生物资源库
方宇宁/编译
一些规模较大的生物库投资建立了样本跟踪、存储和检索的自动化系统,同时确保样本保存在某个恒定的温度条件下
● 数据资料丰富的高品质生物样本是未来科学研究必不可少的。但是,获取和存储这些样本却并不如人们所想象的那么简单。对于生物库的建设来说,最困难的问题也许还是资金问题。
如今,世界各地的冰柜或橱架上放满了许多人体标本,这就是一般所称的“生物银行”或“生物库”:将各种生物组织保存起来,供以后研究之用。这样的生物库包罗万象,其规模和所涉及的范围无比庞大,有来自普通人群的,有来自手术患者或活检患者的,也有来自刚死亡之人的。有些样本收藏可追溯到几十年前。例如,对原住民基因测序的一绺头发就来自于上世纪20年代英国人类学家阿尔弗雷德·C·哈登(Alfred C.Haddon)之手。哈顿从世界各地收集到的许多样本如今都保存在英国剑桥大学。
样本多为干血样或冷冻血样,也包括其他一些机体组织,如眼睛、大脑和指甲等。生物库的样本收集是根据不同需求而有所侧重,例如,以不同人群为基础的生物库收集的干血样本和健康数据用于确定乳腺癌遗传危险因素,而疾病生物库收集的肿瘤样本则用于揭示乳腺癌的不同分子形式。
仅储存在美国生物库的组织样本其数量在世纪之交估计已超过了3亿,并以每年2 000万样本的速度在增加。明尼苏达大学生物资源保存中心负责人艾利森·胡贝尔(Allison Hubel)称,根据兰德公司的报告,这些数字很可能被低估了。
即使如此,许多科学家还是提出他们无法获得足够的样本。在2011年对700多名癌症研究人员的调查发现,47%的研究人员说很难找到他们需要的样本,81%的人称他们的研究范围因此而受到限制,60%的人则表示他们因此对自己的研究结果持怀疑态度。
过去,研究人员在显微镜下检查生物标本,或对少数化学成分进行测试分析,现如今,他们研究的对象是成千上百个分子,其中包括DNA、RNA、蛋白质和代谢物等。尤其是以基因组为基础的各种研究正在普及,研究人员需要从中寻找遗传标记,需要更多的样本进行测量。“在过去20年里,生物医学研究人员利用生物标本的方式已发生了根本性的变化,”美国国家癌症研究所(NCI)的样本品质专家斯蒂芬·休伊特(Stephen Hewitt)说道。
温度之波动
“生物样本如果不经过适当的处理,其作用就可能受到限制,”马萨诸塞州剑桥博德研究所的克里斯汀·阿迪利(Kristin Ardlie)说道。她回忆起一个从胎盘组织样本分离RNA的项目,由于样本中含有太多的降解酶,经过多次分离均未能成功。原来研究人员起先将该样本放在-20℃的冰柜里,几个小时后再将样本转移到符合条件的-80℃的冰柜中。
液氮冷冻以阻止样本降解
“他们可能认为‘冷冻不就是冷冻嘛’,”阿迪利说道,但一般的冰箱温度并不足以阻止酶的降解。除了DNA之外,几乎没有生物分子能在-20℃的温度条件下保存完好。大多数样本可在-80℃的条件保存完好,但某些样本,如活细胞,必须保存在接近-200℃的温度条件下。只有在这样的低温条件下,酶的所有活动才会完全停止。
以不可预知的方式产生变化的分析物比没有任何分析物更为糟糕。一项研究表明,在对两个肿瘤标志物样本进行比较时发现,当场收集的血清与经过冷冻处理并在十年后解冻的血清比较,后者浓度增加了15%左右。在另一项模拟长期冷冻影响的实验中,研究人员检测了冷冻后再解冻其血清中多种肿瘤标志物的变化情况,一些蛋白质生物标记在几十年里,甚至经过多次冷冻解冻,似乎仍然保持稳定不变。然而,血管内皮生长因子——一种与糖尿病、关节炎和癌症等有关联的生物标志物,却是非常的不稳定,不适宜用冻结样本进行分析。
瑞士生物库顾问丹尼尔·S-杜巴切(Daniel S-Dubach)说道,样本是否已解冻过用以研究,然后再次保存,这不是所有的生物库都有记录的,对冷冻温度进行监测,也不是所有的生物库都能做到的。即使是短期的温度波动,都会使样本形成破坏性的冰晶。杜巴切曾看到研究人员为炫耀他们的样本,将冰箱门敝开了好几分钟。
冷储与技术
马萨诸塞州霍普金顿的汉密尔顿存储技术公司可容纳25万至1 000万个样本,在存取样本时,研究人员不需打开冰柜门,只需将样本试管放置在冰柜的一个传递口处,机械臂会将其移至内部的存储架上。研究人员甚至可以通过实验室的信息管理系统寻找所需的某个特定样本,根据他们的要求,系统进行检索并将检索到的样本存放在传递口处,完毕后,系统会通过电子邮件通知研究人员来取。温度保持在-80℃的冷冻系统还能够记录样本的存取次数,以及使用多长时间。
即使不考虑配置这类先进的冷冻设备,冷冻储存的成本也是十分昂贵的。NCI生物样本库的吉姆·沃特(Jim Vaught)说道,一次典型的流行病学研究项目就有可能产生1万名患者的10万份样本,需
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