生物信息学进展lncRNA-Seq数据分析.ppt

基本筛选主要由五个部分组成 step1: 对所有样品拼接得到的转录本使用cuffcompare软件进行合并，选择同时被两种拼接软件拼接到，或者同时出现在至少两个样品中的转录本；step2: 选择转录本长度=200bp，Exon个数=2的转录本；step3: 通过cufflinks计算每条转录本的reads覆盖度，选择覆盖度=3的转录本；step4: 通过与该物种已知非lncRNA及非mRNA类型（rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA,pre-miRNA,pseudogenes等）的转录本进行cuffcompare比较，筛除那些与以上已知转录本相似或相同的转录本；step5: 通过与已知mRNA进行比较，并利用cuffcompare的结果中class_code(/manual.html#class_codes)信息筛选候选lincRNA，intronic lncRNA, anti-sense lncRNA类型的转录本 * lncRNA靶基因预测 cis作用靶基因预测 trans作用靶基因预测 trans作用靶基因预测基本原理认为lncRNA的功能不依赖于和编码基因的位置关系，而与其共表达的蛋白编码基因相关。可以通过样本间lncRNA与蛋白编码基因的表达量相关性分析或共表达分析方法来预测其靶基因 * lncRNA靶基因功能富集 GO * 差异基因分析 * 差异基因GO