Perl的一些基础概念.pptx

Perl 的一些基础概念提纲1. Perl 的数据类型2. Perl 的控制结构3.Perl 中的正则表达式4. 其他高频函数5. BioPerl的简单使用6. 关于Perl 应该努力的方向7. 几个值得保持的好习惯调试常见问题1. Perl 的数据类型标量变量 $列表 @哈希 %1.1 标量变量定义赋值: my $value = 1调用: 正确书写变量名字 $value处理方法: 各种运算符1.2 列表定义赋值: My @array =(‘a’,1,”world”);调用: @array,$array[0] 处理方法: push, pop, reverse, sort1.3 哈希定义赋值: my %rpkm; $rpkm{$geneId}{$sample}=$rpkm; 调用: $rpkm{$geneId}{$sample};处理方法: keys, values, exists, delete遍历多层哈希%{ }Foreach my $geneId (keys %rpkm){ foreach my $sample(keys %{$rpkm{$geneId}}){ print “$rpkm{$geneId}{$sample}\n”; }}2. Perl 的控制结构分支结构 if..else..循环结构 for, while2.1 分支结构常用于判断一个条件是否成立2.2 循环结构处理重复任务. 读取文件, 遍历哈希列表.3.Perl 中的正则表达式字符串是否匹配特定规则 $value =~ /^\d+/;替换功能 $value =~ s/^(\d+)/$1/g;4. 其他高频函数SplitChompSubstrSystem or ``4.1 分隔函数 split正则4.2 去掉结尾多余的换行符注:一般紧随文件读取操作使用4.3 根据坐标提取序列 substr注: 起始坐标为04.4 脚本内调用linux命令5. BioPerl的简单使用6. 关于Perl 应该努力的方向增加程序稳定性和准确性(多用 if)减少调试时间 (功能分块,多用子程序)增加程序可读性 (一致清晰的变量命名,添加必要注释)6.1 增加程序稳定性和准确性6.2 子程序的使用7. 几个值得保持的好习惯变量命名清晰明了多使用子程序记录自己的跑过的命令到 Run.sh大型的工作流程, 给未来写一个readme网络资源/yumtaoist//yangyongzhi/http/yangyongzhi/:///yangyongzhi/yangyongzhi//Baidu and google调试常见问题变量没有赋值变量没有定义 (拼写错误)文件格式不标准 意想不到的奇怪空白 (s/\s+//g);文件不完整 (重新下载)谢谢常用的有用数据库NcbiEnsembl and Plant ensemblephytoz基础概念同源基因: 直系同源, 旁系同源比对: 局部比对,全局比对,reads比对同源基因来源: /blog-217859-280960.html局部比对: Blast 等全局比对: prank, muscle