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欧文氏杆菌铁代谢相关基因生物信息学研究 摘要：利用生物信息学软件对欧文氏杆菌 (Erwinia carotovora subsp. atroseptica) 基因组 中与 铁代谢相关的基因进行生物信息学分析。结果表明，共筛选 到71个与铁代谢相关的基因，其中，有51个为已知功能基 因，20个为推测功能基因。在获得的71个基因中，12个基 因参与铁载体合成、27个基因与Fe3+吸收有关、3个基因与 Fe2+吸收有关、10个基因与亚铁血红素吸收有关、1个基因 与编码贮铁蛋白有关、7个基因与铁吸收调控有关、还有11 个基因可能与铁代谢有关。 关键词：欧文氏杆菌(Erwinia carotovora subsp. atroseptica)；铁代谢相关基因；生物信息学分析 中图分类号：S432. 4+2文献标识码：A文章编号： 0439-8114 (2013) 22-5606-03 随着生物信息学的发展，利用生物信息学方法研究生命 现象与机制已成为新的研究热点。软腐病菌中的欧文氏杆菌 (Erwinia carotovora subsp. atroseptica) SCRI1043 的 全基因组序列已公布[1-3] o本研究运用生物信息学方法筛 选欧文氏杆菌基因组中与铁代谢有关的基因，并进行相关分 析，为控制软腐病的发生提供理论依据。 1材料与方法 根据NCBI数据库中欧文氏杆菌SCRI1043 (以下简称 Ecal043)的基因组，将Ecal043的基因组中每一个编码序 列 Coding sequence (CDS)利用 DNAMAN 软件转化为 FASTA 蛋白的格式，与NCBI数据库中公布的28个完全注解的肠杆 菌科细菌的CDS进行BLAST比对，找出该菌株中所有与铁代 谢相关的基因，并使用DNAStar和TreeView软件对其进行 同源性分析。 2结果与分析 Ecal043菌株的基因组大小为5 064 019 nt, G+C含量 为50. 97%, 4 614个已预测的CDS,其中有20个假基因，7 个rRNA操纵子，76个tRNA。通过与28个完全注解肠杆菌 科细菌的全部CDS进行BLAST比对，发现了 71个与铁代谢 相关的基因，其中包括12个参与铁载体合成的基因，27个 基因与Fe3+吸收相关的基因，3个与Fe2+吸收相关的基因， 10个与亚铁血红素吸收相关的基因，1个与贮铁蛋白相关的 基因，7个与铁调控相关的基因，11个其他可能与铁代谢相 关的基因。 2.1铁载体生物合成系统 通过序列比对，Ecal043菌株中与铁代谢相关基因与大 肠杆菌(Escherichia coli)中某些基因具有较高的相似性, ECA0475. ECA0474. ECA0477. ECA0478 . ECA0479 . ECA0480 . ECA0481 . ECA2023 . ECA3781. ECA4116基因与肠菌科中大肠杆菌中cirA. entD、 entC、entE、entB entF entA iucC、fepA、 iucC 基因 的氨基酸序列相似性分别为36.61%、32. 53%. 46.30%、 64. 63%、62. 94%、30. 30%、60. 32%、29. 47%、63. 71%、29. 47%。 ECA0731. ECA3985基因的氨基酸序列与假结核耶尔森氏菌 (Yersinia pseudotuberculosis)基因的氨基酸序列相似 性分别为58.60%、74. 36%o由于大肠杆菌中entD、entC、 entE、entB、entF、entA基因编码的蛋白与铁载体的生物合 成有关[4],推测Ecal043菌株中的ECA0475. ECA0474. ECA0477. ECA0478. ECA0479. ECA0480. ECA0481 基因也应 该与欧文氏杆菌铁载体生物合成相关。 2.2 Fe3+转运系统相关基因 在Ecal043菌株的基因组中发现12个Fe3+-铁载体转运 子，其中包括Fe3+转运子、Fe3+ ABC转运子、铁色素转运 子、Fe3+-二柠檬酸盐转运子。12个Fe3+-铁载体转运子中 有4个操纵子包括11个基因(ECA1492—ECA1494 , ECA2561—ECA2564. ECA3243. ECA4254—ECA4256)编码Fe3+ ABC转运相关蛋白，有1 个操纵子包括3个基因(ECA3310—ECA3312)编码铁色素转 运相关蛋白，有1个操纵子包括6个基因 (ECA1073—ECA1078)编码Fe3+-二柠檬酸盐转运相关蛋白, 有1个操纵子包括2个基因(ECA3138—ECA3139)编码Fe3+ 转运相关蛋白，还有5个操纵子包括5个基因(ECA0350、 ECA0814