蛋白质氨基酸和肽.pptVIP

§5、蛋白质的高级结构 一、蛋白质的三维结构 一）、蛋白质的二级结构 蛋白质的二级(Secondary)结构 是指肽链的主链在空间的排列,或多肽链主链中各个肽段形成的规则的或无规则的构象。 二级结构 肽链的主链在空间的走向 α-螺旋 β-折叠 β-转角 无规卷曲 肽链的二面角 P205 二级结构的数学描述： 环绕Cα—N键旋转的角度为Φ 环绕Cα—C2键旋转的角度称Ψ 多肽链的所有可能构象都能用Φ和Ψ这两个构象角来描述，称二面角。 可以用（ф,ψ）来描述肽链的二级结构 1.α螺旋 ?-helix p207 1）典型的α螺旋有如下特征：用3.613表示 ① 是一种右手螺旋 ② 每圈螺旋：3.6个a.a残基， 高度：0.54nm ③ 每个残基绕轴旋转100°，沿轴上升0.15nm ④链内氢键维持螺旋稳定 相邻螺圈之间形成链内氢键，氢键的取向几乎与中心轴平行。 ⑤肽键上N-H氢与它后面（N端）第四个残基上的C=0氧间形成氢键 ⑥氨基酸残基侧链R向外 3.613 (ns) 2 ）R侧链对α—螺旋的影响 R侧链的大小和带电性决定了能否形成α—螺旋以及形成的α—螺旋的稳定性。 ① 多肽链上连续出现带同种电荷基团的氨基酸 残基, ② Gly在肽中连续存在时。 丝心蛋白含50%Gly，不形成α—螺旋。 ③ R基大的AA（如Ile）连续存在时，不易形成α—螺旋 ④ Pro、羟脯氨酸中止α—螺旋。 ⑤ R基较小，且不带电荷的氨基酸连续存在利于α—螺旋的形成。 如多聚丙氨酸在pH7的水溶液中自发卷曲成α—螺旋。 2.β -折叠?-pleated sheet ?-折叠是由两条或多条几乎完全伸展的肽链平行排列，通过链间的氢键交联而形成的片状结构。 ⑴ 由若干条肽段或肽链平行或反平行排列组成片状结构； ⑵ 主链骨架伸展呈锯齿状； ⑶ 借相邻主链之间的氢键维系。 平行或反平行两种类型 3.β-转角（β-turn） β-转角也称β-回折（reverse turn）、β-弯曲（β-bend）、发夹结构（hair-pin structure） β转角的特征： ①由多肽链上4个连续的氨基酸残基组成。 ②主链骨架以180°返回折叠。 ③第一个a.a残基的C=O与第四个a.a残基的N-H生成氢键 第n个残基的羰基氧原子与n+3个残基上的亚氨基 这类结构主要存在于球状蛋白分子中。 4.无规卷曲 没有规律的多肽链主链骨架构象。 无固定的走向，但也不是任意变动的 球状蛋白中含量较高，对外界理化因子敏感，与生物活性有关。 酶的活性部位 从结构的稳定性上看α-右手螺旋β-折叠 U型回折无规卷曲， 从功能上看正好相反，酶与蛋白质的活性中心通常由无规卷曲充当，α-右手螺旋和β-折叠一般只起支持作用。 二）、超二级结构和结构域 p221 1.超二级结构是指若干相邻的二级结构中的构象单元彼此相互作用，形成有规则的，在空间上能辨认的二级结构组合体。是蛋白质二级结构至三级结构层次的一种过渡态构象层次。 已知有3种基本形式：αα、βαβ、ββ 三级结构 亲水基位于球体表面,疏水基位于球体内部 球状蛋白溶于水 蛋白质的空间作用力 四）、 蛋白质的四级结构 1.定义 ——多条肽链通过非共价键（氢键、疏水键、离子键、范德华力）形成的聚合体的结构就是四级结构 。 每条肽链都有自己的三级结构，称为亚基或亚单位 维持四级结构的作用有：氢键、疏水作用、静电作用、共价健 四级结构 均一寡聚蛋白 由相同亚基构成 非均一寡聚蛋白 由不同亚基构成 2.蛋白聚集成四级结构具有下列优势 ①增强结构稳定性； ②提高遗传经济性和效率； ③使催化基团汇集在一起，提高催化效率。 ——寡聚酶 ④具有协同性和别构效应。 蛋白质的结构层次 1、一级结构 2、二级结构 3、三级结构 4、四级结构 （三）蛋白质的沉淀反应 p300 变性的因素： 化学因素：? 强酸和强碱——破坏了盐链； ? 有机溶剂——破坏水化膜； ? 去污剂:SDS ? 还原性试剂：尿素、?-硫基乙醇；