比较基因组学与分子进化.pptVIP

1. 基因组比较作图Comparative mapping 利用共同的遗传标记(分子标记、cDNA克隆、基因克隆)对相关物种进行遗传/物理作图； 比较遗传标记在相关物种基因组中的分布情况，揭示物种间DNA或DNA片段上的同线性synteny、共线性collinearity、微共线性microsynteny； 对相关物种的基因组结构、基因组进化历程进行精确分析。 比较基因组学的研究方法 1. 基因组比较作图Comparative mapping 同线性synteny ：相关物种间同源染色体或染色体片段上存在共同的遗传标记，但这些标记间的相对顺序可能存在差异; 共线性collinearity ：高度同线性，共同的遗传标记 且 标记排列顺序保守； 微共线性：一个小的基因组区域内(一段特定的DNA序列)存在共线性的情形。 YAC或BAC克隆的限制性图谱、DNA测序，比较分析发现基因组的微共线性。 比较基因组学的研究方法 2. 基于基因组全序列的比较基因组学研究 完成全基因组测序， 针对全基因组序列进行比较分析，可精确到单碱基差异； 比较已有的全基因组序列， 如拟南芥、水稻、杨树等，进行系列研究，进展迅速； 全基因组测序工程浩大，耗费巨大，不可能对所有研究的物种采用这种方式进行比较基因组研究。 比较基因组学的研究方法 3. 基于芯片技术的比较基因组学研究 以已知序列基因组为参考，通过芯片技术，进行未测序基因组与参考基因组间的比较基因组杂交分析； 检测待比较基因组中对应DNA区域的存在、缺失、变异； 成本较低，研究结果可靠性较高，应用前景广阔。 * 比较基因组学的研究方法 基因组成的相似性 基因共线性：基因排列顺序的一致性； 宏观共线性：遗传连锁图上锚定标记排列次序的一致性； 微观共线性：物理图上基因序列的一致排列； 进化距离非常近的物种间保持很好的微观共线性； 在进化过程中，基因共线性被各种因素所破坏，进化距离越远的物种之间基因共线性越差； 物种间共线性程度可作为衡量它们之间进化距离的尺度。 比较基因组学的研究方法 高度保守和高度变异 X染色体极为保守，人类和猫的X染色体具有纵贯全条的共线性； 在保守性较低的区段，基因进化速率快于整个基因组的平均进化速率； 种间基因组中很少表现共线性；甚至在同一物种的不同生态型之间这些区段也会发生较大变异； 当用基因共线性程度估算物种分化年代时，应当注意避免高度保守和高度变异的区段。 比较基因组学的研究方法 * * 破坏基因组共线性的因素 转座 插入 染色体重排 区段加倍和缺失。 比较基因组学的研究方法 图位克隆--跨物种基因克隆 有效的基因克隆技术，随着植物分子标记遗传图谱的建立和基因分子定位而发展起来； 根据基因组研究提供的高密度遗传图谱、大尺寸物理图谱、大片段基因组文库和基因组全序列，利用分子标记辅助，直接克隆基因； 无需事先知道基因的DNA序列，无需了解基因的表达产物； 首先在拟南芥中取得成功，后来在番茄、大麦、小麦、甜菜、水稻，理论上适用于一切基因 在水稻中运用该技术分离出抗白叶枯病基因Xa-21、Xa-1，抗稻瘟病基因Pi-b和矮生突变基因D1。 在基因组较小的模式植物中，分离被精确定位在大基因组中的基因； 避免大量重复序列的干扰，减少染色体步移的次数。 * 直系同源集簇 由祖先基因衍生的一组基因 种间同源物：不同基因组中执行同一生物学功能； 种内同源物（平行基因）：同一基因组中因基因加倍产生； 预测新基因功能。 * 比较基因组学与进化 古细菌---产甲烷球菌 与原核生物比较 共同的染色体组织与结构：环状基因组、基因的操纵子结构； 能量产生和固氮基因：与原核生物有很高同源性； 蛋白质编码基因：与细胞分裂相关蛋白质、20多个无机离子运输蛋白的ORF，与原核生物同源； 调控模式：类似于原核生物。 * 与真核生物比较 细胞遗传信息传递：转录和翻译系统； 分泌系统； 比较基因组学研究 在进化系统树上，古细菌与真核生物亲缘关系比原核生物更近。 在自养生物的三个分支，细菌、古细菌和真核生物中，细菌的分化发生较早。 * 模式生物与比较基因组学研究 模式生物 原核生物 酵母 线虫 果蝇 小鼠、人类 拟南芥、水稻、玉米、小麦 模式生物 model organism 生物的一个物种species，在研究生命现象的过程中长期、反复地被作为研究材料 其许多生命活动规律往往代表了许多物种共同的规律 对其形态、解剖、生理、生化、细胞及遗传进行全面分析和归纳 将对其研究中得出的规律，推演到相关的生物物种中，以加快其他各种生物研究的步伐。 模式生物具备的基本条件 容易培养，成本低廉，随时获取以供实验研究，繁殖周期短； 能在短时间内产生大量的后代，满足研究分析的需求； 十分方便地取得种内