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VASP5.2安装心得
2014-05-07 来源:小木虫作者: ?yysskk
花了五天时间终于学会怎么装VASP了,在此写下心得体会,供后人参考。个人觉得最难的一步就是makefile文件,网上流传着各种各样的版本,每个人都说自己编译成功了,却又各不相同,也说不清为什么,给新手极大的困扰。在此会详细介绍makefile的文件结构。其余大部分内容都是参考前人的,就不一一注明出处了。一、系统、编译程序及准备工作我用的是centos6.5+icc2011+ifort2011+openmpi1.6.51.1编译器安装系统安装不说了,网上教程多得是。Icc和ifort可以申请免费非商业版本,icc和ifort都各自带了一个MKL,使用的时候别搞混了。装2011的时候会缺组件,用yum都可以免费下载。装 编译器的时候会要求关闭selinux,按照给出的步骤关闭即可。之后会说系统不兼容,但是可以继续装,默认安装路径是在/ opt下面。装完之后会有提示,把安装目录/bin/ifortvars.sh 写到环境变量中,注意32/64位系统的参数不一样。C语言编译器建议用icc,毕竟是 intel出品,针对自家 cpu肯定有大量优化,效率上高于gcc是肯定的。这是装完之后的提示:? ???For csh/tcsh:? ?? ???$ source install-dir/bin/compilervars.csh intel64? ???For bash:? ?? ???$ source install-dir/bin/compilervars.sh intel64? ???To invoke the installed compilers:? ?? ???For C++: icpc? ?? ???For C: icc? ?? ???For Fortran: ifort之后重启或者重新登录,输入# which icc/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.10.319/bin/intel64/icc# which ifort/ opt/ intel/composer_xe_2011_ sp1.9.293/bin/intel64/ifort能找到路径说明安装对了,然后再开始下一步,安装openmpi1.2 openmpi安装我在这里吃过很大的亏,所以单独拿出来讲。Openmpi开源,网上自己下载。解压后进入文件夹,输入./configure CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort(参考了 CentOS5.2+mkl 15+openmpi 1.3.2+ifort 11.0.074编译vasp5.2)icc是C语言编译,icpc是C++编译,ifort是Fortran编译,输入./configure –help会有说明,这里要与VASP使用相同的 编译器,不加参数的话就会调用gcc编译去了。强烈建议安装在默认目录,我第一次装没装在默认目录,之后运行需要手动加一大堆参数。之后按次序输入make,make install,安装完成,加入环境参数。这里要加入三个环境参数:export PATH=/usr/local/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib/openmpi:$LD_LIBRARY_PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH具体路径找自己的,其中少了第三个路径的话可以编译文件,但是运行编译后的文件会说找不到库函数。强烈建议安装完成之后进入解压 文件夹(不是安装目录)下的example文件夹中测试程序,输入make之后会自动编译,完成之后输入mpirun –np 8 hello_f90,如果安装正确,会出现:Hello, world, I am? ?? ?? ?? ?0??of? ?? ?? ???8Hello, world, I am? ?? ?? ?? ?1??of? ?? ?? ???8Hello, world, I am? ?? ?? ?? ?2??of? ?? ?? ???8Hello, world, I am? ?? ?? ?? ?3??of? ?? ?? ???8Hello, world, I am? ?? ?? ?? ?4??of? ?? ?? ???8Hello, world, I am? ?? ?? ?? ?5??of? ?? ?? ???8Hello, world, I am? ?? ?? ?? ?6??of? ?? ?? ???8Hell
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