非核糖体多肽Surugamides生物合成基因簇镶嵌式结构-微生物学报.pdf

微生物学报 A cta Microbiologica Sinica 2019, 59(1): 25–36 /actamicrocn DOI: 10.13343/ki.wsxb Research Article 研究报告 非核糖体多肽 Surugamides 生物合成基因簇镶嵌式结构的解析 1 3 2 2 2 3 2 2 1, 2* 许春敏 ，林霄 ，李蕾 ，王淑萍 ，杨帆 ，徐石海 ，邓海 ，周永军 ，林厚文 1 江西中医药大学，江西 南昌 330004 2 上海交通大学医学院附属仁济医院药学部，上海 200127 3 暨南大学药学院，广东 广州 510632 摘要：【目的】多肽化合物Surugamides (sgm)生物合成基因簇包含 4 个非核糖体多肽合酶(NRPS)基因 surA–D ，负责 2 个 NRPS 生物合成途径。已有报道确认 surA 基因与 Surugamide A 产物相关，而 surB 基因与 sgm F 产物相关，但对 surC 和 surD 基因功能的归属尚没有实验证据。本工作拟在之前研究的基 础上进一步确认 surA 和 surD 负责 Surugamide A 产物生物合成，为基因工程改造 Surugamides 生物合成 途径以及研究其 NRPS 蛋白之间的识别机制提供理论依据。【方法】从海绵中分离放线菌并通过 16S rRNA 基因序列比对分析其分类单元。通过在线数据库 antiSMASH 分析基因组序列，发现天然产物生 物合成基因簇。通过 UPLC-Q-TOF-MS 和 13C NMR 鉴定化合物结构。把构建完成的同源重组双交换质 粒导入链霉菌宿主后筛选基因缺失或替换突变株。【结果】从胄甲海绵来源链霉菌 S. albidoflavus LHW3101 基因组中发现了 Surugamides 生物合成基因簇，确认了该菌株发酵产物中的化合物 sgm A 和 sgm F。构建了 surB 和 surC 基因同时缺失的突变株 RJ9 ，发现 RJ9 不再产 sgm F 而仍然产 Surugamide A。 在缺失突变 surB 和 surC 基因的同时在 surD 基因前引入了组成型强启动子 ermEp* ，结果发现 RJ9 产 Surugamide A 水平是野生型菌株的约 2 倍。【结论】确认了surB 和 surC 基因与 sgm A 产物无关。在 surD 基因前引入强启动子后显著提高了 Surugamide A 的产量，提示 surD 基因与 sgm A 产物相关，结 合已报到 surA 基因与 Surugamide A 产物相关的证据，进一步确认了 surA 和 surD 基因负责 Surugamide A 生物合成的推论。 关键词：微生物天然产物，非核糖体多肽合酶，生物合成基因簇 微 生 物 来 源 非 核 糖 体 多 肽 (nonribosomal 例 如 目 前 临 床 使 用 的 免 疫 抑 制 剂 环 孢 霉 素 peptide ，NRP)类化合物是重要的药物发现源头， (cyclosporin) 、抗生素万古霉素(vancomycin) 、达 基金项目：国家自然科学基金 *通信作者。Tel/Fax ：+86-21；E-mail ：franklin67@126.com 收稿日期：2018-01-23 ；修回日期：2018-04-01 ；网络出版日期：2018-04-20 26 Chunmin Xu et al. | Acta Microbiologica Sinica , 2019, 59(1) 托霉素(daptomycin)和青霉素(penecillin)以及 2015 本研究通过构建 B 和 C 基因的缺失突变株以及为 年发现的抑制