3-6蛋白质空间折叠和研究方法.pdf

蛋白质空间折叠和研究方法 蛋白质空间折叠的动力学、热力学和研究方法 1、蛋白质折叠  蛋白质折叠的热力学  三维结构是多肽链上各个单键旋转自由度受到限制的总结果。  肽平面的性质；  键的旋转的许可的角度  肽链中疏水基和亲水基的数目和位置  带正负电荷基团的数目和位置及溶剂和其他溶质等  这些限制因素通过侧链的基团彼此相互作用，以及侧链基团与溶剂和溶 质的相互作用，最后达到平衡。形成了热力学上最稳定的空间结构，实现 了复杂生物大分子的自我装配原则。  驱动力 ：肽链内氢键释放水，增加水的熵；疏水侧链疏水作用下聚合减 少与水的接触面积；亲水侧链与水结合，增加溶解度。 2、蛋白质折叠动力学  蛋白质折叠不是通过随机搜索找到自由能最低的构象  “随机搜索”模型:  Levinthal C 1968年  氨基酸数目 100  每个残基可采取3个不同位置  构象总数：3100=5×1047  每搜索一种构象时间：10-13秒  总搜索时间：5×1034=1.6×1027年  Levinthal疑难  “多阶段”折叠模型——累积选择（cumulative selection ）：每次搜索时把正确折叠 的那部分结构保留下来。蛋白质折叠实质就是保留局部正确折叠的中间体。 累积中间体的研究困难：折叠态和伸展态之间自由能差值小（40kj左右）；研究工具和 研究方法相对滞后。 停流法、温度跃迁法、脉冲标记核磁共振法、专一诱变和蛋白质工程等 2、蛋白质折叠经过熔球的中间体阶段  蛋白质折叠过程中存在熔球态M （molten globule) ，它含有二 级结构，无完整三级结构，实际 上熔球态M是蛋白质中伸展态和 天然态之间常见中间体的总称。 形成熔球的驱动力是侧链间的疏 水相互作用。  球蛋白折叠步骤（五步） 成核 初始结构域 熔球态 结构域调整 完整三级结构形成 初始结构域形 成核 成与熔球态 快速可逆 的形成2n 个结构 只有1个或少数结 结构域调整 构是有效的，可 进入下一阶段 完整三级结构形成 3、体内蛋白质折叠有异构酶和伴侣蛋白质参加  与蛋白质折叠有关的异构酶  蛋白质二硫键异构酶（protein disulfide isomerse)PDI  肽基脯氨酸异构酶(peptidyl prolyl isomerase)  分子伴侣：  一种引导蛋白质正确折叠的蛋白质。 当蛋白质折叠时，它们能保护蛋白质 分子免受其它蛋白质的干扰。  两种模式：Hsp70家族、伴侣素 （chaperonin ） GroES GroEL hsp70机器 正确折叠的蛋白质 hsp70机器 核糖体 错误折叠的蛋白质 HSP-60蛋白质复合物 GroES 帽 错误折叠 疏水蛋白质 的蛋白质 结合位点