Material studio 中使用LSTQST工具探索化学反应最低能量路径.pptx

计算材料学;1、创建分子模型 （1）创建新文件 在菜单上选择File / New Project，新建文件，设置文件名为LSTQST后单击OK。此时文件名称出现在左侧的Project Explorer 中。;单击工具栏中的 按钮，选择3D Atomistic 后单击OK。此时文件名称出现在左侧的Project Explorer 中，名称为3D Atomistic.xsd。;（3）绘制CH3F分子 点击工具栏中的 ，选择C原子 ，并绘制单个C原子，然后点击 ，自动添加H原子，然后点击 ，并选中任意一个H原子，选择Modify / Modify Element / Periodic Table，选择F元素。这样就把选中的H原子换成了F原子， CH3F分子绘制成功。点击 ，得到合理的初始配置。;（4）文件重命名 选中Project Explorer 中的3D Atomistic.xsd，在其上单击鼠标右键，选择Rename ，将名称改为methylfluoride，其文件名变为methylfluoride.xsd。;3、创建反应物和生成物分子模型 双击打开methylfluoride DMol3 GeomOpt文件夹中的methylfluoride.xsd，利用CTRL + A 和CTRL + C全选并复制所有原子。然后右击文件名，选择New/3D Atomistic Document，创建新文件后， CTRL + V 复制所有原子到该文件，并重命名为SN2reactant.xsd 。 （1）添加第二个F原子 点击 按钮，选择Periodic Table中的F原子，选中已有C原子，添加一个与已有C-F键位置相对的C-F键。然后点击 ，选择Distance，选中C原子，左键拖拽F原子，调节C-F键的键长为3??。;（2）删除新C-F键 点击 按钮，按住Ctrl键，选中C-F键和标注的键长，然后按Delete键。选择File / Save Project保存文件，然后选择Window / Close All，关闭所有Project Explorer窗口。;4、预览反应过程 在菜单栏选择Window/Tile Horizontally，把两个分子模型被放在同一窗口，旋转两个分子，使没有键结构的两个F原子一个在左边，一个在右边。 ;;（2）参数设置 将Number of frames 设置为25，勾选Superimpose structures，点击Preview，预览后关闭窗口。;;5、使用LST/QST计算分子的过渡状态 点击 ，选择Calculation，打开对话框，在Setup选项中，Task选TS Search，Functional为默认值，Charge值设为-1；在Electronic选项中，点击More，进入另一个对话框。; 在SCF选项中，勾选Use smearing；在Orbital Cutoff选项中，勾选Custom，设置Global orbital cutoff的值为5.0??。然后点击Assign并关闭窗口。; 在计算对话框的Properties选项中勾选Frequency，点击Run，开始计算。得到计算结果。;6、振动分析 打开SN2reactant-SN2product DMol3 TS Search文件夹里的SN2reactant-SN2product.xsd 文件，在菜单栏选择Tools / Vibrational Analysis，打开对话框，点击Calculate，开始计算。; 选择频率为负数的一行，点击Animation，关闭窗口。此时播放动画，按 ，停止。然后保存文件，关闭所有Project Explorer窗口。; 打开SN2reactant-SN2product.xtd，然后打开DMol3 Calculation对话框，选择Task选项的TS Confirmation；点开More，打开DMo13 TS Confirmation对话框，选择Path quality选项的Coarse并关闭该窗口；在Properties选项中，取消选择Frequency，最后点击Run。; 打开SN2reactant-SN2product DMol3 TSConf文件夹中的SN2reactant-SN2product TSConfirmation.xcd文件，保存并关闭所有窗口。 ;打开SN2reactant-SN2product.xtd 和SN2reactant-SN2product