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实验室常用试验方法
总RNA的提取(Trizol法提取〉
在收集到生物材料之后,最好能即刻进行RNA制备工作。若需暂时储存, 则应以液氮将生物材料急速冷冻后,储存于?80°C冷冻柜。在制备RNA时, 将储存于冷冻柜的材料取出,立即以加入液氮研磨的方式打破细胞,不可以 先行解冻,以避免RNase的作用。
1.
提取组织RNA时,每50?lOOmg组织用1ml Trizol试剂对组织进行裂解;提取细胞RNA时,先离心沉淀细胞,每5-10 X106个细胞加1 ml Trizol后,反复用枪吹打或剧烈振荡以裂解细胞;
2.
将上述组织或细胞的Trizol裂解液转入EP管中,在室温15?30C下放置5分钟;
3.
在上述EP管中,按照每lml TRIZOL加0.2ml氯仿的量加入氯仿,盖上EP管盖子,在手中用力震荡15秒,在室温下(15°C?30°C)放置2?3分钟后,12000g (2°C~8°C)离心 15 分钟;
4.
取上层水相置于新EP管中,按照每lml TRIZOL加0.5ml异丙醇的量加入异丙 醇,在室温下(15°C?30°C)放置10分钟,12000g (2°C?8°C)离心10分钟;
5.
弃上清,按照每lml TRIZOL加1 ml 75%乙醇进行洗涤,涡旋混合,7500g(2°C~8°C)离心5分钟,弃上清;
6.
让沉淀的RNA在室温下自然干燥;
7.
用 Rnase-free water 溶解 RNA 沉淀。
PCR
实验室常用DM 聚合酶有三种:TaKaRa TaqTM, TaKaRa EXTaqTM和
PyrobestTM DNA Polymeraseo TaKaRa TaqTM 是一般的 DNA 聚合酶,保真性较差,但价钱便宜,一般用于基因表达的检测等。TaKaRa
EXTaqTM是具有Proof reading活性的耐热性DNA聚合酶,具有一定的保真性,而且其扩增得到的PCR产物3端附有一个“A”碱基,如果希望直接将产物克隆到T-vector可以用此酶。PyrobestTM DNAPolymerase也是具有Proof reading活性的耐热性DNA聚合酶,其特点是保真性极高,扩增得到的PCR产物为平滑末端。如果进行基因的扩增请使用此酶。
1.
按下列组成在PCR反应管中调制反应液:
TaKaRa TaqTM 或 TaKaRa EXTaqTM 的配方
Reagent
Quantity, for 50)li 1 of reaction mixture
10X PCR buffer (Mg2+ free)
5 |il
MgC12 (25mM)
如 TaKaRa TaqTM 力口 3 卩 1
如 TaKaRa EXTaqTM 加 4 卩 1
2.5mM dNTP mix
4 pl
10|iM Pr imer 上游
1 |il
10pM Pr imer 下游
1 pl
Template DNA
1 I
Taq 或 EXTaqDNA Polymerase
0. 25 pl
Sterile deionized water
Up to 50|il
Tota I
50 (il /SampIe
PyrobestTM DNA Polymerase 的配方
Reagent
Quantity, for 50|nl of reaction mixture
1 OX Pyrobest buffer
5|il
2.5mM dNTP mix
4)il
10|iM Pr imer 上游
10|iM Pr imer 下游
1)il
Template DNA
1 pl
PyrobestTM DNA PoIymerase
0. 25p l
Sterile deionized water
Up to 50p1
Tota I
50|i 1 /Samp 1 e
①
反应总体积根据实际情况进行调控,可以做20~50卩1以节约试剂;②
将上表各成分加入到0.2ml或0.5ml灭菌的PCR薄壁管中;
③
如果不用PCR仪的加热盖,在反应混合液的上层加30~50卩1的矿物油防止 样品在PCR的过程中蒸发:
2.
按以下程序进行PCR扩增。
PCR反应条件视模板、引物等的结构条件不同而各异,在实际操作中需根据 具体的情况以及P C R结果而进行优化。
Step
Temperature, °C
Time, min
Number of
cycles
Note
起始
变性
94 ?95
1-3
1
变性
94 ?95
0.5-2
25-35
退火温度比理论退 火温度大概低5°C, 再根据反应结果优 化
退火
37-70
0.5-2
延伸
70-75
根据扩增产物
的大小
每分钟延伸lOOObp
最终 延伸
70-75
10
1
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